Герасимов был уверен, что Столыпин рассчитывал именно на несогласие Государственной думы, и расчёт премьера подтвердился в полной мере. Председатель Совета министров вынес на рассмотрение II Думы требование дать согласие на арест членов социал-демократической фракции. Разумеется, премьеру было известно, что правительственное требование поддержат только немногочисленные правые и октябристы, и дальнейшее развитие событий было ему понятно заранее. Руководство II Думы (председателем которой был кадет Фёдор Александрович Головин) не дало ответа в обозначенный законом срок, что уже само собой являлось открытым вызовом правительству. Понятно, что это фактическое отклонение выдвинутого требования без немедленной ответной реакции стало бы огромным ударом по престижу правительства и лично Столыпина. Исходя из этого, председатель Совета министров обратился к императору с предложением немедленно, не дожидаясь более чем предсказуемого решения специально созданной думской комиссии, распустить Государственную думу. Как и в случае с I Думой, Николай II долго колебался, но поздно вечером 2 июня дал окончательное согласие.
Чувство облегчения, которое тогда овладело Столыпиным, хорошо чувствуется в письме императору, которое он немедленно написал после получения высочайшего согласия: «Только что получены мною исторические слова Вашего Величества, которые я позволил себе прочесть господам министрам.
Совет заседал до трёх часов ночи, всё было готово к роспуску. Манифест и все документы напечатаны, но ожидались подлинные документы за подписью Вашего Величества, чтобы дать сигнал для обнародования.
Верьте, Государь, что все министры, несмотря на различные оттенки мнений, проникнуты были твердым убеждением в необходимости роспуска, и колебаний никто не проявлял. Думе дан был срок, она законного требования не выполнила и по слову Вашему перестала существовать.
Я крепко верю, что Господь ведет Россию по предуказанному им пути и что Вашему Величеству предстоит еще счастье видеть её успокоенною и возвеличенною.
Приведём также основные тезисы царского Манифеста о роспуске II Думы (подготовленного в значительной мере лично Столыпиным), в котором заявляется о введении новой избирательной системы: «По повелению и указаниям нашим со времени роспуска Государственной думы первого созыва правительство наше принимало последовательный ряд мер к успокоению страны и установлению правильного течения дел государственных.
Созванная нами вторая Государственная дума призвана была содействовать, согласно державной воле нашей, успокоению России: первее всего работой законодательной, без которой невозможно жизнь государства и усовершенствование его строя… укрепления повсеместно правды и справедливости.
Обязанности эти, вверенные нами выборным от населения, наложили на них тем самым тяжёлую ответственность и святой долг пользоваться правами своими для разумной работы на благо и утверждение державы российской. Таковы были мысль и воля наши при даровании населению новых основ государственной жизни.
К прискорбию нашему, значительная часть состава второй Государственной думы не оправдала ожиданий наших.
По этой причине выработанные правительством нашим обширные мероприятия Государственная дума или не подвергала вовсе рассмотрению, или замедляла обсуждением или отвергала, не остановившись даже перед отклонением законов, каравших открытое восхваление преступлений и сугубо наказывавших сеятелей смуты в войсках.