По второму пункту (расстрел парламента) в "аналитическом документе" ФСБ (так текстуально названы сформулированные возражения) говорится, что Верховный Совет работал неудовлетворительно в 1992-1993 гг., и далее: "В связи с неудовлетворительной законотворческой деятельностью Верховного Совета и съезда народных депутатов в упомянутый период президент РФ был вынужден важнейшие стороны социально-экономической и политической жизни страны регулировать своими указами. Это, в свою очередь, вызывало негативную реакцию со стороны руководства Верховного Совета. Подобное противостояние не могло не вызвать чувства тревоги и беспокойства в обществе, в политических партиях и общественных организациях, несло угрозу конституционному строю РФ".
Планы президента по созыву Конституционного совещания с целью выработки новой Конституции саботировались, Верховный Совет предпочитал путь принятия поправок и дополнений в прежнюю Конституцию РСФСР, действовавшую с 1978 г., "положения которой уже не могли надежно регулировать реально сложившиеся в России общественно-политические и экономические отношения". Именно поэтому Ельцин вынужден был издать Указ No 1400 "О поэтапной конституционной реформе в Российской Федерации", который и стал детонатором событий сентября-октября 1993 г.
Вся ответственность за насилие и кровопролитие в Москве возлагалась на Верховный Совет и его бывших руководителей Р. Хасбулатова и А. Руцкого, которые "фактически спровоцировали массы людей на несанкционированные демонстрации в свою поддержку, организовали попытку вооруженного захвата Московской мэрии и телецентра в Останкино. В результате этих акций имелись жертвы среди представителей правоохранительных органов и мирного населения". Президент же действовал в состоянии крайней необходимости, чтобы предотвратить массовые беспорядки, погромы, разрушения, поджоги и другие антиобщественные действия.
Третий пункт обвинений - в развязывании военных действий в Чечне - в документе ФСБ опровергается следующим образом. Признается, что на территории Чечни к 1994 г. сложилось сложное и опасное положение, и далее: "...Главе государства пришлось решать эту задачу при отсутствии федерального конституционного закона... регламентирующего вопросы, связанные с введением военного или чрезвычайного положения. В этих условиях единственным действенным правовым инструментом для обеспечения законности, правопорядка и общественной безопасности на территории Чеченской республики, которым располагал в то время президент Российской Федерации, являлся институт крайней необходимости.
Данный правовой институт предусматривает, что не является преступлением действие, хотя и содержащее признаки уголовного преступления, если оно совершено для устранения опасности, угрожающей интересам государства, общественным интересам, личности или правам данного лица или других граждан, если эта опасность при данных обстоятельствах не могла быть устранена другими средствами и если причиненный вред является менее значительным, чем предотвращенный вред".
Добавим, что еще в середине 1995 г. Б. Ельцин, обеспокоенный нелегитимностью своих "чеченских" указов, обратился в Верховный суд с просьбой определить их соответствие Конституции. Состав Верховного суда был к этому времени значительно расширен за счет назначения президентом "надежных" судей, поэтому решение Верховного суда было в его пользу. И вот теперь ФСБ попрекала комиссию Думы за то, что она не соглашалась с мнением Конституционного суда и продолжала настаивать, на неконституционности "чеченских" указов Б. Ельцина.
Четвертое обвинение - ослабление обороноспособности страны - ФСБ практически не рассматривала по существу, ограничиваясь констатацией того факта, что, дескать, комиссия вышла за рамки определенных ей полномочий и стала обсуждать вопросы, которые не в ее компетенции, но должны решаться по меньшей мере, одной третью от численного состава Государственной думы. Кстати, четыре члена комиссии возражали против выдвижения обвинений по этому пункту.