Один из первых походов, правда, еще довольно вялый и нерешительный, Иннокентий III организовал против служившего у правителя Священной Римской империи Генриха VI вассала Марквардта фон Анвейлера. После смерти императора в 1198 г. этот полководец и государственный деятель поддерживал вдову своего сюзерена Констанцию в ее притязаниях на Сицилию, которую также желали опекать римские папы. Иннокентий III, готовивший в то время поход 1202–1204 гг., расценил действия Марквардта как нарушение мира в Европе, необходимого для борьбы с врагами Церкви. С его точки зрения, бывший вассал покойного императора таким образом пособлял мусульманам, мешая организации похода. Вот почему папа пожаловал всем, кто выступал против Марквардта и его людей, такое же отпущение грехов, как и тем, кто воевал против неверных в защиту латинского Востока. Подобные оправдания в терминах защиты мира и христианства на самом деле будут характерны для всех призывов пап к крестовым походам против светских властей на Западе.
Как известно, интересы понтификов и императоров пересекались преимущественно в Италии, которую папы, опираясь на «Константинов дар» и лжеисидоровы декреталии, привыкли рассматривать как свою вотчину. Более того, поскольку папа, наместник апостола Петра, считался викарием Христа, то существовавшее в Центральной Италии и возглавляемое римским понтификом Папское государство вообще мыслилось как «наследие Бога». С точки зрения понтификов, придававших таким образом священный ореол войнам против императора, патримоний св. Петра по значимости был сопоставим со Святой Землей, ибо Иерусалим в принципе и был символом Церкви.
Самым крупным конфликтом между «священством» и «царством», духовной и светской властью, в XIII в. было, конечно, противоборство Фридриха II, императора Священной Римской империи и короля Сицилии, с одной стороны, и папами, которые привыкли рассматривать государя как свою креатуру, — с другой. Для организации крестового похода на Восток суверены Святого престола желали использовать Сицилию, которая могла стать важной материальной основой похода, располагая мощным портом и морским флотом. Фридрих II, рано принявший обет крестоносца, медлил с его исполнением и тем самым вызывал жесткую реакцию понтификов вплоть до отлучения от Церкви. Когда в 1228 г. он наконец, не сняв с себя анафемы, вступил в поход в Святую Землю, папа Григорий IX воспользовался его отсутствием, чтобы вторгнуться в Сицилийское королевство. Началась настоящая война. Напряженность в отношениях между светской и духовной властями удалось снять лишь заключением мира в Сан-Джермано в 1230 г., но в конце 30-х гг. XIII в. конфликт вступил в новую фазу. В 1239 г. папа обвинил императора в том, что тот не помогает Святой Земле и Латинской Романии, и на этом основании вновь отлучил его от церкви. Конфликт между ними достиг такой силы, что в 1241 г. Фридрих II привел свои войска в долину Тибра. Он прямо угрожал Риму, а запертый в городе папа Григорий IX вынес на всеобщее обозрение святые мощи, раздал кресты верующим и призвал их сражаться под давним лозунгом папства — во имя освобождения Церкви (