В своей борьбе против императора и его преемников понтифики прибегли к введенному еще Иннокентием III и подтвержденному каноном Четвертого Латеранского собора принципу «наделения трофеями». Так, используя Карла I Анжуйского, брата французского короля Людовика Святого, в конфликте против Гогенштауфенов, папы предложили принцу в качестве «трофея» — вознаграждения за участие в крестовом походе против врагов папства — Сицилийское королевство и титул короля, а также пожаловали все полагающиеся крестоносцу привилегии. Помощь анжуйцам рассматривалась папством как еще один шаг на пути утверждения сюзеренитета над Сицилией. Под эгидой Святого Престола Карл I Анжуйский развернул наступление на Гогенштауфенов в южной Италии и Сицилии. В марте 1266 г. в битве при Беневенто сын Фридриха II Манфред был разгромлен и погиб, после чего французский принц подчинил себе Сицилию и начал хозяйничать в Италии. Однако гибеллины не смирились с ситуацией и на этот раз объявили королем Сицилии внука Фридриха II Конрадина, у которого было немало приверженцев даже в Риме. Конфликт вступил в новую фазу. В 1268 г. Конрадину удалось разгромить войска Карла Анжуйского в долине реки Арно. Но в том же году папский ставленник предпринял решительное наступление на Сицилию, поддержанное активной проповедью крестового похода, благодаря которой армия принца пополнялась все новыми и новыми воинами. В августе 1268 г. битве при Тальякоццо армия Конрадина была разгромлена, а самого короля и его близких и сторонников ждала жестокая казнь. Но и этим дело не кончилось. После победы Карла I Анжуйского практически вся Южная Италия, включая Сицилию, оказалась под его властью, которой он воспользовался по своему усмотрению, вводя французские образцы правления и ущемляя интересы итальянцев новыми поборами и налогами. В результате недовольные господством Анжуйской династии сицилийцы в 1282 г. подняли мятеж против ненавистных французов — этот эпизод известен в средневековой истории как «Сицилийская вечерня» — и предложили сицилийскую корону правителю Арагона Педро III — родственнику Манфреда, супругу его дочери Констанции Гогенштауфен. В связи с этими событиями в 1285 г. новый папа Мартин IV (1281–1285) организовал очередной крестовый поход теперь уже против арагонского короля, поддержав анжуйцев индульгенциями. Длительная война между французами и Арагонским домом завершилась лишь в 1302 г. подписанием мира в Кальтабелотте, по которому собственно Сицилия оказалась по существу в руках арагонцев. По условиям этого мира сам остров, теперь уже независимый от материка, превращался в папский фьеф, держателем которого была арагонская корона, а материковая часть передавалась анжуйцам. По существу после 1302 г. можно говорить о двух независимых государствах — Неаполитанском (с Анжуйской династией) и Сицилийском (с арагонским домом).
Во время долгих сицилийских войн папство, поддерживая своих сторонников, начало регулярно облагать Церковь поборами в пользу крестового похода. Так, на Лионском соборе 1274 г. было принято решение о сборе «крестовой десятины» в течение шести лет, и большая часть собранных в этот период денег пошла на папские войны. Перераспределение средств, предназначенных для Святой Земли, в пользу политических походов вызвало недовольство мирян, и особенно латинских государств, но механизм использования «крестовых денег», как и самого института крестового похода, в интересах папской политики уже был запущен. Поразительно, но со временем папы стали использовать инструмент крестового похода даже в борьбе против своих же собратьев — церковных иерархов! Об этом свидетельствует, например, конфликт рода Каэтани, к которому принадлежал избранный в 1294 г. папа Бонифаций VIII (1294–1303), с одной стороны, и древнего римского рода Колонна, из которого вышли многие влиятельные кардиналы и соперники этого понтифика — с другой. Вскоре после вступления на Святой Престол Бонифаций VIII объявил официальный крестовый поход против семьи Колонна и при этом почерпнул средства для него из тех самых источников, из которых обычно финансировались военно-религиозные экспедиции на Восток. В результате похода действующего понтифика земли представителей рода Колонна были захвачены, их главный город — Палестрина — разрушен, а сами они попали в плен, где их ждала жестокая расправа.
Надо сказать, что «внутренние» крестовые походы, организуемые папами, привлекали многих мирян, как из Италии, так и из Испании и других государств — и это неудивительно, ведь папы предоставляли участникам этих экспедиций все те же духовные и мирские привилегии и таким образом мотивировали все новых участников. В XIII в. можно было не тратить деньги и время для того, чтобы отправиться на Восток, с целью получить отпущение грехов и другие привилегии, для этого было достаточно принять участие в войне против врагов папы, причем не обязательно сражаться, а просто послать определенную сумму денег.