Весной 1152 г. король Бодуэн и королева Мелизанда возвратились в Иерусалим. Несмотря на то что молодой король давно уже достиг совершеннолетия, королева Мелизанда ни в коем случае не хотела отдавать ему власть. Начиная с 1149 г. отношения между ними стали более чем прохладными. У королевы-матери было много союзников, и прежде всего церковь во главе с иерусалимским патриархом Фульком из Ангулема. Высокие должности при дворе были заняты ее сторонниками, коннетаблем королевства был ее любовник Манассия Ержский. Ее поддерживали Иудея и Иерусалим, где виконтом (комендантом цитадели) был ее сторонник Роар Старый. На ее стороне был Филипп де Милли в Наблусе, будущий магистр тамплиеров, и Элинар де Бюр, князь Галилеи; также она могла рассчитывать на поддержку родственников Элинара, братьев Ибеленов, владевших равниной от Яффы до Газы, городом и замком Ибелен и наследием матери — городами Рамла и Лидда и замком Мирабель.
Король постепенно стал выстраивать свои властные позиции на севере королевства вокруг Акры и Тира, его поддержали Онфруа де Торон и Гийом де Бюр Галилейский, брат Элинара. Канцелярия королевства разделилась на две соперничавшие части — короля и королевы-матери. Наряду с королевским хозяйством Мелизанда устроила свое собственное хозяйство со своими работниками. Таким образом, она нарушила принципы совместной власти, предложенные Бодуэном II, по которым государство было нераздельно целым. Хотя вскоре князь Галилеи Элинар перешел на сторону короля, положение Бодуэна было непрочным. Король показал себя умелым дипломатом в переговорах с византийцами, однако распря между ним и королевой-матерью, возможно, помешала выбору мужа для Констанции Антиохийской.
Потеряв свое влияние в Галилее, Мелизанда сумела возвести в 1151 г. своего младшего сына Амори в графы Яффы. Однако брак ее фаворита, коннетабля Манассии, с Эльви, вдовой Балиана I д'Ибелена, в конце 1150 г. был ошибкой королевы. Трем сыновьям Балиана было мало отцовского наследства, а наследием матери, по крайней мере замком Мирабель, овладел Манассия. Кроме того, Ибелены принадлежали к «старым семьям», в то время как коннетабль лишь недавно прибыл в Палестину. Так что переход Ибеленов в лагерь короля усилил его позиции и ослабил положение королевы. Помимо прочего, бароны королевства были недовольны «высокомерной властью» Манассии, как пишет Гийом Тирский.
К весне 1152 г. положение короля Бодуэна III было достаточно прочным, чтобы он мог начать борьбу с матерью за власть. Королю было теперь 22 года, и он решил короноваться вторично, что послужило бы подтверждением его власти. Королева также захотела вторично короноваться, чтобы закрепить совместную с сыном власть, и договорилась об этом с патриархом Фульком. Коронация должна была состояться на Пасху, 30 марта 1152 г., но король велел отложить церемонию. Затем, в пасхальный вторник, он с группой рыцарей вошел в церковь Гроба Господня и заставил патриарха короновать его одного, хотя Фульк не хотел этого. Это было открытым разрывом с королевой. На Коронном совете король предъявил свои претензии. Коронный совет, где сильно было влияние духовенства, заставил короля принять компромисс. Королевство было разделено, король, выбиравший первым, получил большую часть Самарии и Галилею, Мелизанда — Наблус, Иерусалим и Яффу, которой владел брат короля Амори. Манассии пришлось уступить должность коннетабля стороннику короля, Онфруа II де Торону, важнейшей фигуре в государстве в течение последующих 25 лет.
Перемирие продолжалось три недели, затем король, внезапно напав, захватил замок Мирабель и пленил Манассию. Ему сохранили жизнь за обещание покинуть Святую Землю и никогда сюда не возвращаться. После этого король захватил Наблус, и королева-мать Мелизанда, покинутая светскими дворянами, но поддерживаемая патриархом, была вынуждена укрыться в цитадели Иерусалима. Однако горожане, возможно, по негласному приказу короля, поднялись против Мелизанды и заставили ее передать город Бодуэну. Королева-мать получила в качестве надела вдовы город Наблус, где, согласно Библии, царь Ирод приговорил Иоанна Крестителя к усекновению главы. За ней также остались права патрона церкви, но из светской политики она вынуждена была уйти. Младший брат короля Амори, до конца хранивший верность матери, был лишен своего лена, Яффы. Бодуэн стал теперь полновластным и неоспоримым государем.
Прослышав о раздорах между королем и королевой-матерью, эмир Мардина Артукид Тимурташ осенью 1152 г. решил внезапным набегом овладеть Иерусалимом. Он собрал армию из туркменских племен, прошел по краю пустыни, переправился через Иордан и разбил лагерь на Масличной горе. Муджир ад-Дин Дамасский снабдил его продовольствием, хотя и высказался против похода. Гарнизон Иерусалима, известив короля, находившегося в Наблусе, о нападении, внезапно атаковал лагерь Тимурташа. Туркмены бежали к Иордану не приняв боя. Там, на берегу реки, на них напала королевская армия и разгромила их.