В Германии возникновение национал-социалистических движений означало для Вегнера изоляцию как мыслителя и как человека. Его считали «большевистски мыслящим интеллигентом», предателем идеалов германского национализма и вместе с еще семьдесят одним писателем внесли в черный список по разряду «Беллетристика», составленный министерством образования и пропаганды фашистской Германии.
11 апреля 1933 года, сразу после первого указа о запрещении коммерческой деятельности евреев, Армин Т. Вегнер написал открытое письмо Адольфу Гитлеру и отправил его в Мюнхен, в «Коричневый дом». Содержание этого письма — решительный протест против бесчеловечных антиеврейских действий режима. За этот мужественный поступок, но прежде всего потому, что он был известен как «фанатик пацифизма» и «сочувствующий левым», его арестовали, бросили в подвалы гестапо, где он был избит и заключен в тюрьму.
Оказавшись в тюрьме, Вегнер прошел через три концентрационных лагеря: Ораниенбург, Бергермор и Лихтенбург. Весной 1934 года, после приблизительно пяти месяцев заключения, его освободили. Он уехал к своей жене в Англию, но вскоре она эмигрировала вместе с дочерью в Палестину. В 1939 году они развелись по обоюдному согласию. В этой связи Вегнер писал: «Германия отняла у меня все: дом, успех, свободу, работу, друзей, родной край и все, что было мне особенно дорого. Наконец, Германия отняла у меня жену. И эту страну я продолжаю любить, несмотря ни на что!»
Добровольное изгнание в Италии
В 1936-1937 годах Вегнер переехал в Италию. Сначала он поселился в Виетри (где встретил художницу еврейского происхождения Ирену Ковалиску с которой уже был знаком в Берлине и которая в 1945 году станет его женой), затем обосновался в Позитано, на неаполитанском побережье.
С принятием расистских законов 1938 года в Италии стала исчезать атмосфера относительной терпимости. По случаю визита Гитлера, в целях безопасности фюрера, Вегнер вместе с другими политическими иммигрантами был арестован — хотя и всего на несколько недель. У Вегнера начался период депрессии. Вновь давали о себе знать психологические травмы, полученные во время заключения, а тяжкое бремя изоляции он переживал как потерю писательского самосознания.
На следующий день после вступления Италии в войну Герберт Капплер приказал арестовать Вегнера и заключить в лагерь Потенцы. Однако Вегнеру удалось добраться до Рима, где как гражданин Германии он обратился прямо в посольство: приказ на арест был отменен.
В 1941 году у Вегнера родился сын Миша. С 1941 по 1943 год он преподавал немецкий язык и литературу в Германской Академии в Падуе. В документах Академии он зарегистрировался как А. Тео Вегнер, и это, как ни удивительно, позволило ему остаться неузнанным.
В 1943 году, после первого ареста Муссолини, Вегнер вернулся в Позитано, где прожил до 1955 года, за исключением коротких периодов, проведенных в Риме и Стромболи (небольшой остров с действующим вулканом на юге Сицилии, где он жил в старинной башне). Для того чтобы сводить концы с концами, Вегнеру пришлось продать часть своих вещей. Несмотря на присущий ему дух космополитизма, внутренняя связь с немецкой культурой была столь глубока, что он так и не сумел адаптироваться к жизни в эмиграции и долгое время не мог осуществить свои литературные замыслы.
Вернувшись впервые в Германию в 1952 году после долгого отсутствия, он ощутил некую отчужденность по отношению к своей стране, что сделало невозможным его окончательное возвращение. В 1956 году он переехал обратно в Рим. В 1965 году отмечалась 50-я годовщина ареста армянской интеллигенции в Стамбуле (24 апреля 1915 года) — знаковой даты, символизирующей весь процесс геноцида. Событие привлекло внимание прессы и вызвало интерес к фотографиям, сделанным Армином Т. Вегнером на Ближнем Востоке. Потрясающие по силе выражения, фотографии отличались высоким художественным уровнем, «соединяя в себе достоинство и страдание». По этому случаю Вегнер опубликовал очерк о событиях 1915 года, озаглавленный
Признание
Роль Вегнера как свидетеля геноцида армян и защитника прав армянского и еврейского народов была, наконец, признана на международном уровне. Помимо наград, полученных от его родного города в Федеративной Республике Германии, в 1967 году ему был присвоен титул «Праведника» Израильским институтом и Мемориалом о Холокосте «Яд ва-Шем», а в 1968 году Католикос Всех Армян Вазген I вручил Вегнеру орден Святого Григория в столице Армении Ереване, где одна из улиц носит его имя.