В первом квартале 1942 года емкость московской станции ВЧ-связи была увеличена до 30 межгорнаправлений и 400 абонентских номеров. Кроме того, на ней смонтировали резервный СК, позволявший при необходимости полностью дублировать основной СК, находившийся в доме № 12 по ул. Дзержинского. Для укомплектования фронтовых, а затем и армейских станций ВЧ-связи в мастерских ОПС была изготовлена на базе коммутаторов МБ-30Ч2 партия коммутаторов ЦБ-10/15. С учетом опыта, приобретенного в первый период войны, были разработаны инструкции и практические рекомендации по улучшению качества ВЧ-связи и деятельности обеспечивающих ее подразделений.
27 декабря 1942 года были осуществлены кадровые перестановки в руководстве ОПС НКВД, в результате которых начальником отдела был назначен майор госбезопасности Михаил Александрович Андреев (1906–1971), а майор госбезопасности И. Я. Воробьев стал его заместителем. А причиной этого стало совещание у Верховного Главнокомандующего, которое состоялось в самый разгар Сталинградской битвы. На совещании решалась судьба правительственной связи: быть ей самостоятельным ведомством в рамках НКВД или влиться в структуру ГУСКА, чего активно добивался его начальник генерал-лейтенант войск связи Иван Терентьевич Пересыпкин (1904–1978).
Самостоятельность ОПС тогда удалось отстоять, но сам И. Я. Воробьев был понижен в должности. По свидетельству Петра Николаевича Воронина (1913–1995), который тогда уже был заместителем начальника ОПС, И. В. Сталин не одобрил понижения И. Я. Воробьева, но Л. П. Берия, верный собственным принципам «кадровой политики», на своем решении все же настоял.
23 марта 1943 года СНК СССР было принято Постановление «О присуждении Сталинских премий за выдающиеся изобретения за 1942 год». Первую степень с вознаграждением в 150 тысяч рублей за разработку новой аппаратуры связи получили начальник лаборатории ГСПЭИ-56 В. А. Котельников, инженеры ГСПЭИ-56 К. П. Егоров и Г. В. Старицын, начальник лаборатории ЦНИИС Анатолий Ионович Цукублин, инженеры лаборатории ЦНИИС Дмитрий Акимович Борисов и Юрий Анатольевич Солдатихин.
В лаборатории В. А. Котельникова в Уфе работал тогда еще молодым специалистом ученый и изобретатель Лев Александрович Коробков, который возглавлял в течение многих лет отдел специального оконечного оборудования. Позже коллективом специалистов, который возглавлял Л. А. Коробков, был разработан целый комплекс аппаратуры засекречивания для многоканальных систем радиосвязи. Эти системы были широко внедрены на линиях связи СССР и продолжают работать на российских линиях связи.
Проработав немного больше года в Уфе, лаборатория В. А. Котельникова была распоряжением ГКО передана в ОПС НКВД и в апреле-мае 1943 года перебазировалась назад в Москву. Разработанная под руководством В. А. Котельникова во время Отечественной войны аппаратура телефонного засекречивания широко использовалась в действующей армии. Она применялась также для связи с Москвой советской делегации во время принятия капитуляции Германии в мае 1945 года.
В августе 1943 года лаборатория ГСПЭИ № 56 была передана в лабораторию специальной техники 4-го спецотдела (ОТБ) НКВД, задачами которого было использование заключенных специалистов для выполнения научно-исследовательских и проектных работ по разработке, в частности, новых средств радиосвязи, оперативной техники и аппаратуры засекречивания. Руководил лабораторией спецтехники заключенный ученый Александр Львович Минц, который в 1932 году изобрел систему радиотелефонной связи с широтно-импульсной модуляцией. А многоканальная система связи с амплитудно-импульсной модуляцией была изобретена в 1935 году С. Н. Кокуриным.
Приблизительно с начала 1943 года в Москве начали активно работать лаборатории, организованные в НКВД, где ведущее место занимали бывшие сотрудники лаборатории В. А. Котельникова. Разрабатывалось несколько типов аппаратов секретной телефонии, и, что очень важно, начались серьезные работы по дешифровке линейной передачи. Эти подразделения позже стали экспертами по оценке стойкости аппаратуры засекречивания, которая разрабатывалась в других организациях СССР.
Изготовление опытных образцов и проведение лабораторных испытаний шифратора полевого типа «Волга» было завершено лишь к началу 1944 года. Одновременно продолжалась разработка аппаратуры «Волга-С», «Нева-П» и ее стационарного варианта — аппаратуры «Нева-С», а также аппаратуры «Соболь-Д».
Согласно постановлению ГКО от 18 мая 1944 года на ленинградском заводе № 209 им. Кулакова было создано специальное КБ по разработке шифрующей аппаратуры, а также предусмотрен выпуск пяти модернизированных аппаратов «Соболь-П» к 15 июня 1944 года, двадцати аппаратов «Нева-П» в третьем квартале 1944 года, десяти аппаратов «Нева-С» и комплекта шифраторов «Волга-С» в четвертом квартале этого года, полевого шифрующего аппарата «Соболь-Д» к 30 ноября 1944 года и стационарного аппарата «Соболь-Д» к 30 марта 1945 кода.