Весной в 1946 года наркоматы были переименованы в министерства: НКВД стал МВД, а НКГБ — МГБ. 26 августа 1947 года приказом МВД/МГБ № 00877/00458 УВПС (вместе с ОПС) МВД было передано в МГБ. А 17 октября 1949 года совместным приказом МВД/МГБ № 00968/00334 пограничные войска также были переданы в МГБ.
18 октября 1951 года приказом МГБ СССР № 00764 части войск правительственной связи на территории СССР были реорганизованы в части правительственной ВЧ-связи внутренней охраны МГБ, при этом отдельные полки, батальоны и роты правительственной связи были переформированы в отдельные отряды, дивизионы и команды правительственной ВЧ-связи внутренней охраны МГБ. В состав МГБ СССР на территории страны входили: 4 отдельных отряда, 7 отдельных дивизионов и 11 отдельных команд правительственной ВЧ-связи, а за рубежом: 4 ОППС и 18 орпс.
14 марта 1952 года приказом МГБ № 00182 УВПС вошло в состав Главного управления внутренней охраны (далее — ГУВО) МГБ. В марте 1953 года МГБ вошло в состав МВД, где был создан Отдел частей ВЧ-связи ГУВО (с 12 марта 1954 года — ГУВКО) МВД. Штатная численность войск правительственной связи в 1954 году составила 8021 человек.
25 сентября 1954 года после образования КГБ при СМ СССР распоряжением СМ СССР № 10709рс Отдел войск правительственной ВЧ-связи ГУВКО МВД с подчиненными ему частями был передан в состав КГБ с присвоением ему условного наименования «в/ч 9737».
26 октября 1954 года приказом КГБ № 00708 отдельные полки правительственной связи внутренних войск МВД и отдельные дивизионы правительственной связи внутренней охраны МВД были переименованы в отдельные полки и батальоны войск правительственной связи и в декабре того же года переданы из МВД в КГБ.
В 1955 году на войска правительственной связи была возложена задача по обеспечению связью командования Объединенных вооруженных сил стран-участниц Варшавского договора во время проведения учебных и специальных мероприятий.
13 марта 1956 года из-за того, что количественный состав войск правительственной связи не отвечал мобилизационным планам развертывания частей в военное время, Постановлением СМ СССР № 333-210сс их численность была увеличена на 13 тысяч единиц и к 1958 году была доведена до 21846 единиц, что позволило иметь 13 ОППС и 11 ОБПС.
1 сентября 1957 года в соответствии с приказом КГБ при СМ СССР в г. Кодыма Одесской области началось формирование 21-го ОБПС. Часть формировалась на базе радиорелейной роты старшего лейтенанта И. Пашина, переданной из 23-го Гвардейского ордена Красной звезды ОППС. 30 ноября 1960 года батальон был переформирован в 35-й ОППС, а 14 июля 1961 года полк был передислоцирован в г. Одессу.
23 июня 1959 года Отдел войск правительственной связи вместе с Отделом «С» вошли в единый ОПС КГБ при СМ СССР. А 9 июля был утвержден новый штат ОПС, в составе которого был создан Штаб войск правительственной связи, который в разные периоды времени возглавляли:
1. Александров Константин Алексеевич (июль 1959 — апрель 1961), инженер-полковник.
2. Симбирцев Ю. С. (до 1965), генерал-майор.
3. Колесников В. Н.
4. Брусницын Николай Александрович (1969–1970), генерал-лейтенант.
5. Орехов Сергей Григорьевич (1970–1974), генерал-майор войск связи.
6. Беда Анатолий Григорьевич (1978–1985), генерал-лейтенант.
7. Самохин Роберт Васильевич (1985–1991), генерал-майор.
В связи с проведением СССР политики разоружения в январе 1960 года был принят закон «О новом значительном сокращении ВС СССР», в соответствии с которым существенно сокращались и войска правительственной связи. 5 февраля 1960 года в соответствии с Постановлением ЦК КПСС и СМ СССР их численность была сокращена на 4168 единиц. 16 марта 1960 года приказом КГБ № 00109 была установлена численность ОППС на территории СССР в количестве 15.
15 октября 1960 года Постановлением СМ СССР № 1102-455 была предусмотрено обеспечение правительственной связью командиров бригад ракетных войск, дивизий противовоздушной обороны, дивизий и бригад ракетных подводных лодок включительно, для чего в течение 1961–1965 годов было построено 50 новых ВЧ-станций.
В 1960 году Постановлением СМ СССР было организовано создание семи полевых узлов ВЧ-связи для обслуживания руководства армий стран — участниц Варшавского договора, сформирован отдельный полевой узел правительственной связи для Объединенного штаба вооруженных сил государств Варшавского договора. Части войск правительственной связи, дислоцированных за рубежом, были объединены с соответствующими ОПС под общим командованием, а также созданы ОПС при группах советских войск за рубежом.
Для обеспечения связи с группами войск за рубежом дислоцировалось следующее количество частей и подразделений войск правительственной связи: Восточная Германия — три батальона, два узла, Польша — четыре батальона, один узел, Венгрия — шесть рот, один узел, Монголия — один батальон.
В 1960-х годах для войск правительственной связи было разработано, согласовано с Генштабом ВС и утверждено Председателем КГБ «Наставление по организации правительственной связи в ВС СССР».