В акустической лаборатории А. И. Солженицын проработал приблизительно до середины 1950 года, занимаясь организацией артикуляционных испытаний. Как он сам написал в книге «В круге первом», в середине 1950 года он был этапирован в лагеря за отказ работать над криптологическими проблемами.
В апреле — декабре 1948 года начальник Марфинской лаборатории А. М. Васильев издал 92 распоряжения, определявшие деятельность лаборатории. Из них восемь о «нерадивом» отношении к работе отдельных заключенных. Наиболее характерные недостатки — это занятие посторонними делами вместо работы и «халатное» отношение к работе: писание писем, скрытое прослушивание радиопередач самодельным приемником, драка между заключенными, несобранность и невнимательность, а в результате — сломанные отдельные детали и приборы, материальные убытки. Наказания были следующими: за драку — карцер, за небрежность и занятие посторонними делами — выговор. Следует отметить, что и штатный состав также получал дисциплинарные взыскания.
Группы Марфинской лаборатории временно разместились в основном корпусе, заняв его часть. В другой части основного корпуса еще шли ремонтно-отделочные работы. Основными задачами на 2-й квартал 1948 года, которые нужно было решать одновременно и как можно быстрее, были:
— завершение ремонтно-отделочных работ в основном корпусе и определение перспектив развития лаборатории на ближайшие годы;
— выбор основных научных направлений и определение первых планов работы по созданию лабораторных образцов аппаратуры;
— определение и реализация структуры Марфинской лаборатории для решения основной задачи.
Для ускорения ремонтно-отделочных работ было создано семь ремонтных бригад, и в июне 1948 года эти работы были закончены. После этого группы лаборатории заняли всю рабочую площадь здания, что способствовало переходу к нормальной исследовательской работе.
Одновременно с завершением строительных работ было осуществлено перспективное проектирование развития лабораторного городка в течение 1948–1951 годов. При создании проекта развития лаборатории учитывалось обеспечение надежности снабжения электроэнергией, отоплением, существенное расширение производственных площадей, строительство жилья.
Лаборатория должна была выполнить две основные задачи. Во-первых, необходимо было создать аппаратуру с высокой стойкостью засекречивания, способную работать по стандартному телефонному каналу связи и обеспечивать приемлемое для абонентов правительственной связи качество речи. Во-вторых, необходимо было создать аппаратуру засекречивания телефонных переговоров для дециметровой широкополосной радиолинии, полученной по «репарациям» из Германии.
Вторая задача могла быть решена при использовании импульсно-кодовой модуляции (далее — ИКМ) и стойкого быстродействующего шифратора, который нужно было разработать. Первую задачу можно было решить путем использования в качестве речепреобразующего устройства вокодера или клиппированной речи.
20 мая 1948 года А. М. Васильев докладывал на специальной комиссии Ученого Совета МГБ эти предложения. Комиссия утверждала следующие предложения лаборатории: группы № 1 и № 7 разрабатывают аппаратуру на базе вокодера, группа № 6 — на базе клиппированной речи и группа № 5 — аппаратуру засекречивания для широкополосной дециметровой радиолинии с преобразованием речи с помощью ИКМ.
В соответствии с решением комиссии Ученого Совета и выбранных направлений работы была создана структура Марфинской лаборатории и определены задачи ее подразделений. К концу июня 1948 года впервые был составлен ориентировочный план работы всех подразделений лаборатории. Поскольку группы и лаборатории в июне еще только разворачивали свои исследования, план определял задачу подразделений с ориентированием на готовность к испытаниям стойкости засекречивания аппаратов М-801, М-803, М-804, М-805 в мае 1949 года.
Учитывая сложность решаемых задач и отведенные сжатые сроки по разработке аппаратуры, выбор оптимальной структуры Марфинской лаборатории играл важнейшее значение. Кроме семи групп, принимавших участие в разработке аппаратуры засекречивания, в состав лаборатории входило еще пять специализированных лабораторий. Необходимость создания некоторых из них определялась тем, что в 1948 году трудно было рассчитывать на получение некоторых приборов и комплектующих изделий от других организаций.
Такое предвидение руководства ООТ и Марфинской лаборатории оказалось полностью оправданным — вакуумная и химическая лаборатории внесли большой вклад в разработку аппаратуры и выпуск ее серии, разработав ряд комплектующих изделий. В структуру лаборатории входила достаточно мощная производственная база, способная обеспечить разработку и выпуск малых серий аппаратуры.
С 1 июня 1948 года согласно распоряжению начальника ООТ Ф. Ф. Железова в лаборатории было создано три сектора: особый, общий и производственный.
Особый сектор состоял из семи тематических научно-исследовательских групп и поста контроля допуска в сектор по особым пропускам: