В штат ОПС вошли Узел правительственной связи и два отделения:
— организационно-техническое;
— служба тыла и материально-технического снабжения.
Узел правительственной связи состоял из секретариата и шести отделений:
— правительственной ВЧ-связи;
— организации и эксплуатации ВЧ-связи на объектах;
— организации и эксплуатации шифрованной ВЧ-связи;
— правительственной АТС;
— организации и эксплуатации сети правительственной и охранной связи;
— радио- и киноустановок.
Для работы с войсками в объединенном ОПС был создан штаб войск, первым начальником которого стал К. А. Александров, а также политотдел во главе с Г. И. Деминым. Общая численность ОПС составила 475 человек.
Возросший объем строительства новых и переоборудования действующих сооружений правительственной связи потребовал изменения организации и проведения этих работ. Если раньше подразделения правительственной связи своими силами и проектировали, и строили, что, безусловно, отрицательно сказывалось на эксплуатации, то с 1959 года эти работы в основном стали выполняться специализированными подрядными организациями.
Это позволило, с одной стороны, сосредоточить усилия инженерно-технического состава на главной задаче — эксплуатации средств правительственной связи — и, с другой стороны, повысить качество строительно-монтажных работ за счет их выполнения более квалифицированными специалистами, а также резко сократить сроки строительства, потому что стало возможным создавать широкий фронт работ и привлекать необходимое количество специалистов. Однако установившийся порядок строительства не исключал выполнения своими силами отдельных монтажных работ, не требующих специального финансирования (например, замена физически и морально устаревшей аппаратуры, монтаж шифротехники, некоторых АМТС, выпрямителей, стоек питания и т. д.).
Существенные изменения в технической оснащенности подразделений правительственной связи значительно повысили требования к их личному составу. Еще в 1956 году в Москве начали действовать централизованные учебные сборы по подготовке специалистов для эксплуатации аппаратуры засекречивания, в чем самое активное участие принимали Ю. В. Мазуров, Ю. И. Батырь, В. А. Котельников, Д. А. Кудинов, В. Г. Гавырин.
Затем приказом КГБ от 5 ноября 1958 года в подразделениях правительственной связи были введены квалификационные экзамены, а 13 сентября 1960 года руководство ОПС КГБ утвердило новые методические указания о проведении технической учебы в этих подразделениях.
В 1960 году в ОПС влился отдел связи ХОЗУ КГБ. Так, вместо четырех отделов, ведавших в КГБ вопросами связи, стал функционировать один отдел, имеющий возможность комплексно решать эти вопросы и располагающий для этого необходимыми силами и средствами.
При очередной реорганизации в ОПС были образованы Центральный узел правительственной связи (далее — ЦУПС) во главе с М. А. Шавруковым и Московский узел правительственной связи (далее — МУПС) во главе с В. А. Акимушкиным.
ЦУПС состоял из четырех отделений:
— руководства подразделениями правительственной связи территориальных органов КГБ;
— эксплуатации каналообразующего и коммутационного оборудования, электропитающей установки московской станции ВЧ-связи;
— эксплуатации засекречивающей аппаратуры и создания ее новых образцов;
— организации деятельности станций правительственной связи в московской зоне.
МУПС тоже состоял из четырех отделений:
— правительственной городской связи и часификации важнейших государственных объектов;
— абонентских установок правительственной междугородной и городской связи;
— средств радиосвязи, звукоусиления и синхронного перевода речи;
— линейно-кабельных сооружений правительственной связи.
Во исполнение распоряжения СМ СССР от 16 мая 1959 года была разработана и приказом КГБ от 29 июля 1961 года утверждена новая «Инструкция о порядке организации и эксплуатации правительственной связи» (взамен объявленной приказом от 15 апреля 1954 года). Постановлением секретариата ЦК КПСС от 29 апреля 1963 года был одобрен «Перечень должностных лиц, согласно которому должны устанавливаться телефонные аппараты ВЧ-связи».
1 августа 1961 года инстанциями было принято постановление, которым, в частности, предусматривалась организация в 1962–1965 годах правительственной связи с 61 объектом МО СССР, в том числе с базами стратегических атомных подводных лодок-ракетоносцев (первая такая лодка К-19 появилась в составе Северного флота в ноябре 1960 года).
Удобные для размещения этих баз бухты, не замерзающие зимой и обеспечивающие прямой выход в открытое море, были расположены на Кольском полуострове, на Камчатке и в Приморском крае. Первые станции ВЧ-связи на двух таких базах в Мурманской области были открыты 16 марта 1963 года (ныне Заозерск) и в июле 1965 года (ныне Скалистый).