Тесное переплетение научного и религиозного знания и стоящих за ними мотивов предопределило болезненность «развода» между этими расходящимися системами. Классическим случаем стал длительный суд Инквизиции над Галилеем, хорошо изученный, хотя и породивший много идеологических спекуляций. В нем отразилась сложность и рискованность переходного процесса при становлении нового типа знания, автономного от этических (тогда в религиозной оболочке) ценностей — знания как самостоятельной ценности,
Гейзенберг в докладе «Естественнонаучная и религиозная истина» (1973) обсуждает неизбежность противоречия и конфликтов между наукой и религией как двух необходимых сфер знания. Он разбирает когнитивную структуру процесса Церкви против Галилея, отвлекаясь от частных ошибок и преувеличений с обеих сторон — в контексте, близком к нашей проблематике, — и указывает, что «конфликт между естественными науками и господствующим мировоззрением разыгрывается еще и в наше время».
Согласно его выводу, речь в подобных конфликтах «идет не о выяснении истины, а о конфликте между духовной формой общества, которая, по определению, должна быть чем-то устойчивым, и постоянно расширяющейся и обновляющейся, т. е. динамичной структурой научного опыта и научной мысли. Даже общество, возникшее в ходе великих революционных переворотов, стремится к консолидации, к фиксации идейного содержания, призванного служить долговечной основой нового сообщества. Полная шаткость всех критериев оказалась бы в конечном счете невыносимой. А наука стремится к росту. Даже если основой мировоззрения станет естествознание или какая-либо другая наука — попытку подобного рода представляет собой диалектический материализм, — это по необходимости будет наука прошлых десятилетий или веков, и ее фиксация на языке идеологии опять-таки создаст предпосылку для позднейшего конфликта».
Мы оставляем в стороне тот факт, что в XVIII веке «развод» между наукой и религией был осложнен соперничеством между научным сообществом и клиром за место высшей инстанции, легитимирующей социальный и политический порядок.
Отношение к религии и Церкви (конкретно, к христианству) во французском Просвещении выражено лозунгом Вольтера «Раздавите гадину!». Судя по терминологии, речь шла об идейной войне на уничтожение. По словам Вольтера, христианство основано на переплетении «самых пошлых обманов, сочиненных подлейшей сволочью». Эта установка устойчива, генетическая связь разных течений Просвещения прослеживается в течение двух веков (например, метафора религии как опиума была использована до Маркса Вольтером, Руссо, Кантом, Б. Бауэром и Фейербахом).
Мы не будем вдаваться в перипетии этой войны, наш предмет — взаимоотношение науки и религии как систем знания. Сложность этого взаимоотношения (и слабость религии в конфликте с Просвещением) заключается в том, что религиозное знание сцеплено с религиозным переживанием., которое иррационально и потому не может устоять в споре, который навязан на языке рациональной логики.
На эту трудность указывал Вебер и предупреждал, что религиозное переживание «отличается абсолютной некоммуникабельностью; оно носит специфический характер и выступает в качестве знания, хотя и не может быть адекватно выражено посредством нашего языкового и понятийного аппарата… Любое религиозное переживание теряет свое значение по мере того, как делается попытка дать ему рациональную формулировку, и тем больше, чем лучше удается формулировать его в понятиях. В этом коренится причина трагических конфликтов всего рационального богословия».
Антирелигиозная программа европейских революций оказала влияние и на революционное движение в России. Поскольку здесь над умами интеллигенции долгое время господствовал марксизм, а позднее он же был положен в основу официальной идеологии, остается актуальным представление о религии именно в марксизме. Религия — один из главных предметов всего учения Маркса, а обсуждение религии — один из главных его методов, даже инструментов. Маркс утверждал как постулат: «Критика религии — предпосылка всякой другой критики». Если учесть, что все составные части марксизма проникнуты именно критическим пафосом, то можно сказать, что «критика религии — предпосылка всего учения Маркса».
Маркс пишет о религии вообще: «Религия стала выражением отделения человека от той общности, к которой он принадлежит, от себя самого и других людей, — чем и была первоначально. Она является всего только абстрактным исповеданием особой превратности, частной прихоти, произвола».