Многие ученые склоняются к выводу, что гребнистый крокодил – одна из самых умных рептилий. У них очень хорошо развита система звуковой коммуникации, и взрослые животные постоянно общаются между собой, издавая звуки, похожие на лай. Всего описано четыре типа сигналов. Первый из них характерен только для молодых крокодилов и обычно трактуется как призыв на помощь. Второй тип сигналов также характерен только для молодых животных. Это одиночный короткий лай, высокий по тону, которым новорожденные дают о себе знать матери в момент выхода из гнезда или во время перемещений по водоемам. Третий тип сигналов – это серия кашляющих или свистящих звуков. Обычно так «переговариваются» взрослые самцы, сталкиваясь на границе территории, и чаще всего подобной трелью хозяин встречает нарушителя границ. Четвертый тип сигналов – долгое ворчание на низких тонах. Так переговариваются партнеры во время ухаживания.
Период размножения приурочен к сезону дождей и длится с ноября по март. Размножение всегда происходит в пресных водоемах, вот почему наибольшей популярностью среди самок пользуются те самцы, на участках которых имеется водоем, пригодный для брачных игр. Перед сезоном дождей драки между самцами за территорию обостряются, и немало взрослых крокодилов гибнут в этих поединках. Самки становятся половозрелыми в возрасте 10–12 лет по достижении длины 2,2–2,5 м, самцы – не раньше 16 лет по достижении длины 3,2 м.
Гнездо строится на глинистых отмелях из грязи и травы, оно сравнительно небольшое по сравнению с размерами самки. Поскольку размножение происходит во время сезона дождей, самка выбирает для гнезда возвышенное место, которое не размоет потоками воды. Обычно в кладке от 40 до 60 яиц. В редких случаях в одном гнезде находили 90–100, но так и не удалось установить, являлись ли они кладкой одной самки или двух соседних кладок. Иногда участие в постройке гнезда принимает и самец, но он нетерпелив, и, не дождавшись окончания кладки, отправляется на обход территории. Самка же остается караулить гнездо до тех пор, пока не вылупится потомство, обороняя его от хищников и людей. Несмотря на предосторожность, много кладок гибнет именно по этой причине. В том случае, если яйцам грозит пересыхание, самка поливает гнездо водой. Некоторые яйца становятся добычей Хищников – ящериц, диких свиней – и людей сборщиков яиц. Усугубляет ситуацию длительный (до 3 месяцев) период инкубации. Срок появления молодых зависит от температуры, при которой происходила инкубация, этот же фактор определяет и пол детенышей. Так же, как и у других крокодилов, самцы вылупляются из яиц, если инкубация проходила при температуре 31,6 °C. В случае небольшого отклонения от этой температуры (выше или ниже) из яиц вылупляются самки.
К моменту окончания инкубации самка практически не отходит от гнезда и, едва заслышав сигналы детенышей, начинает ломать прочные глиняные стенки. Маленьких крокодильчиков самка переносит в пасти к водоему и находится при них до тех пор, пока они не научатся плавать.
Но буквально через месяц-другой она теряет к потомству всякий интерес и уходит с участка, оставляя потомство на произвол судьбы. По этим причинам только менее 1 % всех вылупившихся крокодилов достигают половой зрелости, потому что становятся добычей хищников – черепах и других крокодилов. Например, самцы, охраняющие территорию, могут запросто убить и съесть молодь.
В течение длительного времени гребнистый крокодил является объектом промысла. Особенно ценится его кожа, идущая на изготовление ремней и сумок. Нерегулируемая охота, начавшаяся в 1940-х гг. и продолжавшаяся до 1974 г., когда впервые стали принимать меры по охране вида, вызвала резкое сокращение численности гребнистого крокодила по всему ареалу. Кроме того, во многих частях ареала хищника преследовали, обвиняя в нападении на людей. Суеверный страх перед крокодилами создает проблемы в сохранении представителей рода.
Существует несколько крупных популяций гребнистого крокодила, каждая из которых находится в той или иной степени сохранности. Популяция гребнистых крокодилов, обитающих в море, нестабильна, хотя и не находится под угрозой. С сухопутными популяциями намного сложнее, даже в тех странах, где нет прямого преследования со стороны человека, их численность стремительно снижается. Основной причиной является сокращение привычных местообитаний (вырубка лесов, осушение болот, распашка земли). На Шри-Ланке и в Таиланде этот процесс происходит настолько стремительно, что гребнистого крокодила здесь уже не встретишь, и только в 1999 г. было зарегистрировано две встречи.
В Южном Вьетнаме, где крокодилов истребляли тысячами, популяция в настоящее время ограничена 100 животными.