Пищеварительная система крокодилов довольно сложно устроена. Ротовая полость заметно отграничена от глотки. У крокодилов носоглоточные ходы отделены от ротовой полости вторичным костным нёбом, возникающим путем разрастания нёбных отростков межчелюстных и верхнечелюстных костей и самих нёбных и крыловидных костей. Это позволяет хищникам полностью разделить дыхательную и пищеварительную системы.
Крокодил может спокойно ловить рыбу и глотать ее под водой без риска задохнуться. На дне ротовой полости располагается подвижный мускулистый язык. Зубы сидят на верхнечелюстных, межчелюстных, крыловидных и нижнечелюстных костях. В отличие от амфибий сошник крокодилов лишен зубов. Зубы расположены только на межчелюстных, верхнечелюстных и зубных костях, сидят в альвеолах, как и у млекопитающих.
Желудок хорошо выражен и снабжен сильной мускулатурой. На границе между тонкими и толстыми кишками расположена зачаточная слепая кишка. Печень имеет желчный пузырь, проток которого впадает в кишечник примерно в том же месте, что и проток поджелудочной железы.
Развитие крокодилов проходит без метаморфозы, т. е. они не имеют личинок, обитающих в воде. Во время эмбрионального развития жаберный аппарат не формируется, и газообмен у зародыша, находящегося в яйце, осуществляется при помощи сосудов аллантоиса (первичного мочевого пузыря) и желточного мешка. Взрослые крокодилы дышат только легкими, так как кожное дыхание у них в связи с появлением рогового покрова отсутствует. Все вышесказанное, а также более высокий общий уровень жизненных процессов у рептилий обусловливают у них более сложное строение легких.
Общая форма легких у рептилий мешковидная, однако внутренняя полость значительно меньше, так как от стенок легких внутрь отходит сложная сеть перегородок, делящих полость легкого на множество мелких ячей. Особенно сильно развиты указанные образования у высших рептилий – черепах и крокодилов. У наиболее примитивной современной рептилии – гаттерии – внутренняя полость легких еще велика.
Задняя часть легких у многих видов не имеет ячей и перегородок и часто вытянута в виде тонкостенных пальцевидных выростов – легочных мешков. Окисления крови в них не происходит.
Характерна дифференцировка дыхательных путей. Гортанная щель ведет в одноименную камеру, поддерживаемую непарным перстневидным и парным черпаловидным хрящами. От гортани отходит длинная трахея. Трахея разделяется на два бронха, идущих в легкие.
Механизм дыхания иной, чем у амфибий. Воздух не заглатывается ртом, а втягивается в легкие и выталкивается обратно путем распространения, расширения и сужения грудной клетки, обусловленных движением ребер. Этот тип дыхания, свойственный высшим позвоночным, а также более сложная структура легких обеспечивают и более совершенный газообмен.
Органы кровообращения рептилий в значительно большей мере, чем у амфибий, соответствуют наземному образу жизни и связанному с ним легочному дыханию. Это выражается в первую очередь в более полном разделении артериального и венозного потоков, что обусловливается новыми приспособлениями в сердце и в артериальной и венозной системе.
Сердце у большинства рептилий трехкамерное, однако перегородка между предсердиями всегда полная, и, кроме того, неполная перегородка есть в желудочке. Она отходит от брюшной стороны желудочка, и в состоянии систолы желудочек на короткий момент разделен (хотя и не полностью) на левую и правую части. У крокодилов эта перегородка полная и сердце имеет 2 самостоятельных желудочка.
Артериальная система имеет ряд существенных особенностей. Артериальный ствол разделен на 3 сосуда, самостоятельно отходящих от различных частей желудочка. От правой части желудочка (содержащей венозную кровь) отходит легочный сосуд, делящийся вскоре на левую и правую легочные артерии. От левой части желудочка (содержащей артериальную кровь) отходит правая дуга аорты, от которой в свою очередь отходят сонные и подключичные артерии. Наконец, от середины желудочка отходит левая дуга аорты, которая, обогнув сердце, соединяется с правой дугой аорты и образует спинную аорту. В связи с такой дифференцировкой артериальных сосудов в легочные артерии поступает только венозная кровь; в правую дугу аорты, а следовательно, и в сонные и подключичные артерии – чистая артериальная кровь. Только в левую дугу аорты поступает смешанная кровь, и, следовательно, в спинной аорте кровь также смешанная, но с явным преобладанием окисленной крови. Спинная аорта тянется под позвоночником, от нее отходят ветви к внутренним органам и мускулатуре. В области таза от спинной аорты отходят крупные подвздошные артерии, несущие кровь к задним конечностям.