Александр не развеивает сомнений, а еще более их усугубляет. Однажды он написал: «Скажу прямо: я не верю в тебя; корпус почти погубил тебя. С горьким, горьким чувством думаю я теперь о тебе, чем ты стал, мой милый, милый Петя? Что есть в тебе, кроме внешнего лоска? Я всегда был предубежден против первых учеников; очень редко выходят из них порядочные люди науки… Повторяю, сердце сжимается иногда о тебе. Гордая самоуверенность проглядывает у тебя… Ты человек не науки! Наука не для тебя; научное поприще так тернисто, что только страстная любовь и верность к науке может поддержать на нем человека…»
Это был почти приговор. Но Петр никогда не обижался на брата, продолжая откровенно рассказывать ему о своих разнообразных увлечениях: «…Занятия математикой идут обычной чередой. Химией занимаюсь также постоянно, время от времени, когда появляются финансы, занимаюсь опытами в нашей маленькой лаборатории. Свободное время посвящаю музыке. Сегодня я вырвался из корпуса на концерт и… наслаждался, слушая, например, глубоко прочувственное трио Глинки из „Жизни за царя“, сколько в нем родного, близкого сердцу, выплаканного, как и во всех русских мотивах…»
Когда Петр поделился с братом своей мечтой — уехать на Амур, в неведомый край, только что присоединенный к России стараниями графа H. Н. Муравьева-Амурского, Александр стал его отговаривать: «Не езди на Амур, не связывай себя, не езди даже на два года. Что ты захочешь вернуться, я в этом убежден…» Он не сразу понял, что Петр, приняв решение ехать в Сибирь, нашел свой путь в жизни, единственно правильный в его обстоятельствах. И главное, что его влекло — та самая свобода, что звучала рефреном в стихотворении Огарева, к которой своим громовым голосом призывал легендарный Бакунин.
Уговаривая Петра не ехать в Сибирь, Александр раскрывает перед ним глубокое недовольство собой: «Я чувствую, что во мне есть сила… но по необразованности я направлял ее только на общие вопросы, я не могу заняться решением частного вопроса, потому что слишком мало знаю… Я поразительно мало знаю… И я желаю учиться…»
Общее свойство братьев — отсутствие самодовольства, самокритичность, готовность всегда учиться — проявлялось в каждом из них по-разному. Общим у них было также удивительное для их возраста чувство гражданской ответственности. Они остро воспринимали происходившие в стране события и, как все мыслящие люди России, желали серьезных перемен в общественной жизни страны.
Осенью 1861 года в Москве прошли студенческие волнения. Студенты закрытого из-за боязни беспорядков университета устроили сходку на могиле либерального профессора Грановского, где обсуждали петиции к попечителю учебных заведений, генерал-губернатору и царю с просьбой возобновить занятия. У гостиницы «Дрезден» произошло столкновение студентов с полицией, и среди получивших побои и арестованных оказался воспитанник кадетского корпуса Александр Кропоткин. Ему грозило увольнение, и, узнав об этом, Петр тут же приехал из Петербурга. Пока Александр находился под арестом, произошла его встреча со Львом Толстым в одной из московских гостиных. Об этом написала в своих «Воспоминаниях» М. С. Воейкова, жена московского предводителя дворянства. Согласно этому источнику, молодой князь Кропоткин резко высказывался по поводу действий властей, в частности назвал «обманом» объявленное в царском манифесте «освобождение крестьян».
Через 13 лет, когда был арестован Петр, Александр, живший тогда в Цюрихе, поспешил на помощь к любимому брату и, забыв о себе, угодил в капкан: его арестовали по подозрению в связи с политэмигрантом Петром Лавровым. Никаких оснований для привлечения к суду не было, но государь император своей волей, без суда и следствия, распорядился отправить старшего Кропоткина в Сибирь. Разрешение вернуться пришло лишь через 14 лет, но Александр Алексеевич им так и не воспользовался — в приступе депрессии он покончил с собой. Петр Кропоткин, переживший любимого брата более чем на 30 лет, не мог простить себе, что не сумел предотвратить трагический конец Александра. Надо было бы убедить его приехать сразу же с семьей в Лондон или Париж, но младшему Кропоткину казалось, что брату с его большой семьей трудно будет выдержать слишком резкое изменение условий жизни.