На донесении казанского губернатора о происшедших в городе событиях Александр II начертал: «Щапова необходимо арестовать». Следуя «высочайшему повелению», за смелое выступление вольнодумца в сопровождении жандарма доставили в Петербург, где продержали почти четыре месяца в Третьем отделении. Находясь после освобождения под надзором, он публикует статьи по русской истории в журналах, встречается с Чернышевским, переписывается с Герценом. Все это послужило основанием для насильственного удаления сибиряка из Петербурга на родину.
В январе 1863 года началось восстание в Польше и Литве. В течение полутора лет шло жестокое его подавление, сопровождавшееся казнями сотен повстанцев и высылкой десятков тысяч их в Сибирь, на Урал и Кавказ. Эти события осложнили продолжение политики реформ в России, а вскоре и погасили последние искры надежды на них. Верноподданный сверхпатриот М. Н. Катков, в юности участвовавший в вольнодумных кружках Белинского и Станкевича, резко изменил свою позицию; теперь он клеймил Герцена и Бакунина как врагов России, присоединив к ним впоследствии и Кропоткина.
Чернышевский в статьях, публиковавшихся в журнале «Современник», раскрывал непоследовательность реформы по освобождению крестьян, доказывал неспособность монархическо-бюрократической системы к самореформированию, настойчиво развивал идею социалистической крестьянской революции. Журнал был закрыт, а Чернышевский 7 июля 1861 года арестован и заключен в Петропавловскую крепость. В одиночной камере Алексеевского равелина он пишет роман о «новых людях», готовых к борьбе за демократическое преобразование российского общества. Под названием «Что делать?» роман был опубликован в возобновленном «Современнике» в 1863 году. Признанный виновным в «принятии мер к ниспровержению существующего порядка управления» автор был приговорен к семи годам каторги и вечному поселению. После процедуры гражданской казни на Мытнинской площади в Петербурге в мае 1864 года Чернышевского отправили в Нерчинский округ. Его изоляция от России продлилась, по существу, до конца жизни; только за год до смерти ему разрешено было вернуться в родной Саратов. Так власть выкорчевывала первые ростки антиправительственного движения.
Михаил Бакунин, совершив в 1862 году дерзкий побег из сибирской ссылки, в момент Польского восстания находился в Швеции и там сформировал интернациональный отряд добровольцев, готовясь пересечь Финский залив и высадиться в Литве, в районе Паланги. Но операция не удалась, да и повстанцы к тому времени были уже разгромлены, а их предводитель Зигмунд Сераковский, схваченный карателями с перебитым позвоночником, был приговорен к смерти военно-полевым судом и повешен. Погасить пожар восстания удалось с помощью крестьянской реформы, которую министр Николай Милютин по поручению Александра II провел в царстве Польском не так, как в России, а с учетом поправок, предлагавшихся либералами. Шляхтичи, руководившие восстанием, откладывали решение крестьянского вопроса, и в этом была их ошибка.
В мае 1864 года Афанасий Щапов оказался в Иркутске. Почти в то же время вернулся из Петербурга после доклада о катастрофе с баржами на Амуре Петр Кропоткин. Конечно, он скоро познакомился со Щаповым, который был старше его на 11 лет и опубликовал уже ряд статей. Главная идея Щапова — тесная взаимозависимость человека и природы — была очень близка Кропоткину, так же как и мысль о том, что будущее России не в централизованном государстве, а в федерации составляющих ее областей с развитым народным самоуправлением. Щапов стал работать в Восточно-Сибирском отделе Русского географического общества, но полноправным сотрудником отдела он стал лишь в марте 1866 года, а весной того же года отправился в первую свою экспедицию — на север Енисея, в Туруханский край. К тому времени Кропоткин уже вернулся в Петербург.
Несмотря на то, что Петру, когда он оказался в Сибири, шел всего лишь двадцатый год, он был хорошо осведомлен о том, что происходило в России после «объявления воли». Распространялись слухи, кое о чем сообщали газеты. Например, о том, что около пятисот рабочих забастовали на чугунолитейном заводе в городе Лысьва Пермской губернии. Бывшие крестьяне требовали повышения оплаты труда. Острее всех на события, почувствовав готовность властей отступить, откликнулись образованные люди, те, кто читал, несмотря на запрет, подпольный «Колокол». Прежде всего это были студенты. После того как по «высочайшему решению» закрылись на восемь месяцев университеты в Москве и Петербурге, студенты, не допускавшиеся в оцепленные полицией университетские здания, выражали свой протест на улицах, расклеивая прокламации. Их арестовывали и многих отправляли в административном порядке, без суда, в Сибирь. В это время из Лондона прозвучал призыв Герцена, обращенный к лишенным права учиться студентам: «В народ!» В распространявшейся нелегально листовке В. В. Берви-Флеровского [28]говорилось: «Идите в народ и говорите ему всю правду до последнего слова и как человек должен жить по закону природы».