«Они хулят имя Бога и публично оскорбляют христиан, говоря, что те верят в простолюдина… но мы не допускаем, что Он был простолюдином по происхождению или по поведению. В самом деле, они и сами не могут отрицать, что Он был жреческого рода и царской крови, а Его манеры были превосходны и подобающи». Очевидно, Иннокентию было нелегко защищать свою позицию. Обвинения в лихоимстве, богохульстве и найме христианских кормилиц вряд ли могли произвести должное впечатление на короля. Поэтому в заключение своего письма папа приводит еще одно обвинение, которое не могло не вызвать среди христиан, с почтением внимавшим каждому папскому слову, страха и ненависти к отверженному народу. Папа обвинил евреев в том, что те постоянно убивают христиан, когда у них есть возможность сделать это, не будучи уличенными. Папе рассказали (это могло быть правдой) о «неком бедном ученом, чей труп был найден в еврейском отхожем месте», и папа уверял французского короля и весь христианский мир, что это род преступлений, которые евреи совершают постоянно. «Евреи, — заявлял папа, — пользуются любой возможностью тайно убивать христиан, которые позволяют им жить в своей среде». Даже приняв во внимание эпоху и благочестивое рвение, трудно найти оправдание подобному утверждению. Еще труднее объяснить, почему Иннокентий написал французскому королю, что если тот запретит службу у евреев христианским кормилицам, ему будет даровано полное отпущение грехов. Папа заверял, что если король «положит конец дерзостям евреев в этих и подобных делах… мы присовокупим к этому отпущение грехов».
Поведение евреев зачастую давало папе основание для оправданного возмущения. В письме графу Неверскому от 17 января 1208 года он с характерным для стиля этой эпохи пафосом протестовал против действий евреев, причинявших церкви массу беспокойств. Гражданские власти и «некоторые правители», затрудняясь вести свои дела из-за недостатка средств и лишившись возможности взять ссуду после церковного запрета, стали назначать евреев своими управляющими. Когда эти управляющие описывали заложенные «поместья и замки», они отказывались платить церковную десятину с перешедшей в их руки собственности, позволяя таким образом «правителям» уклоняться от уплаты церковных сборов и налогов. Несмотря на такие провокационные действия, папа не рекомендовал казнить преступников, а намекал, что им следует возобновить свои скитания. «Евреев, против которых свидетельствует кровь Христа, не следует убивать, дабы христиане не забывали закона Божьего; им должно оставаться скитальцами до тех пор, пока на их лицах не проступит печать позора». Это был весьма суровый совет, если учесть, что вся вина этих людей состояла в том, что они помогали своим правителям обходить церковные правила уплаты десятины. «Арфы церкви умолкли», — заявлял папа, ибо церковники лишились причитающегося им дохода.
В первые годы своего правления Иннокентий III надеялся на обращение евреев в христианство, и вполне вероятно, что именно разочарование в этой надежде вызвало его ярость против тех, кого невозможно было ни убедить, ни принудить войти в лоно церкви. В сложном переплетении противоречивых политических, экономических и церковных интересов папа никогда не переставал выказывать отеческой заботы о благополучии обращенных в христианство евреев. Результат был невелик. Вопреки наложенной на них обязанности присутствовать на проповедях, вопреки различным степеням принуждения, экономическому давлению и даже угрозам пытки и смерти, лишь очень немногие евреи согласились переменить свою старую религию. Те же, кто по внутреннему убеждению или по какой-либо другой причине принял христианство, оказались в весьма затруднительном положении: без друзей, без средств к существованию и зачастую даже без пищи и одежды. Их было так мало, что не возникло никакого сообщества, которое взяло бы их под опеку. Они оказывались бременем для местных епископов, зачастую относившихся к ним с антипатией. Недоверие пустило в христианских душах столь глубокие корни, что даже после того, как новообращенные проходили обряд крещения святой водой, многие христиане продолжали взирать на них с подозрением или презрением. Однако Иннокентий делал все от него зависящее, чтобы помочь им. В его письмах упоминаются три обращенных еврея: один в Англии и двое во Франции. Папа написал несколько писем епископу Отюна, жестоко укоряя его за отказ помочь обращенному еврею и его дочери, непрестанно взывавших к Риму с просьбой о денежной помощи.