Если с комплектованием частей дело, хоть и с большими трудностями, как-то продвигалось, с командованием же корпуса была полная неразбериха. Высшее германское командование, понимавшее неизбежность поражения в войне, к сентябрю 1918 г. осознало необходимость противостояния Советской России и с этой целью приняло решение создать сильную украинскую армию марионеточного режима гетмана Скоропадского и три русских армии: Астраханскую (из астраханских казаков и калмыков), Южную (на Украине) и Северную (в оккупированных районах Псковской и Витебской губерний, Эстонии и Латвии). Основой Северной армии должен был стать формировавший Псковский добровольческий корпус.
Изначально по вопросу о руководстве корпуса завязалась ожесточённая борьба. Группа монархических деятелей, осевшая в Пскове и создавшая «Совет обороны Северо-Западной области», упрашивала генерала Н. Н. Юденича взять на себя командование. Генерал не желал подчиняться немцам и сознательно тянул время с принятием решения, надеясь на скорое поражение Германии в войне. Между тем он отправил весной восемнадцатого года во Псков группу молодых офицеров (полковника барона фон Людинкгаузена Вольфа, ротмистров Гершельмана, Гоштовта и фон Розенберга) с поручением начать мобилизационные мероприятия. Совет обороны Северо-Западной области этим не удовлетворился и обратился с просьбой возглавить Белое движение на Северо-Западе России к графу Фёдору Артуровичу Келлеру, воинственному монархисту и одному из талантливых и авторитетнейших русских генералов.
Генерал дал согласие и даже направил во Псков воззвание «Призыв старого солдата», в котором говорил: «Настала пора, когда я вновь зову вас за собою… За Веру, Царя и Отечество мы присягали сложить свои головы — настало время исполнить свой долг… Вспомните и прочтите молитву перед боем, — ту молитву, которую мы читали перед славными нашими победами, осените себя Крестным Знамением и с Божьей помощью вперёд за Веру, за Царя и за целую неделимую нашу родину Россию». Символикой Северной армии генерал Келлер утвердил нарукавный знак в виде белого креста.
До Пскова генерал Келлер, живший в ту пору с семьёй в Харькове, увы, так и не доехал. Гетман Скоропадский, получивший 18 ноября 1918 г. известие о том, что войска мятежного Петлюры подошли к Киеву и разгромили офицерскую дружину князя Святополк-Мирского, назначил Келлера главнокомандующим украинской армией. Но было поздно. Петлюровцы штурмом взяли Киев и 21 декабря убили захваченных ими генерала и двух его адъютантов у памятника Богдану Хмельницкому на Софийской площади. Епископ Нестор Камчатский обнаружил тела убитых в морге Анатомического театра и похоронил их под чужими именами в Покровском монастыре в Киеве.
Стоявшая у истоков Псковского корпуса и Северной армии группа молодых офицеров передала руководство прибывшим из Ревеля старшим начальникам. Двадцать первого октября в командование вступил практически неизвестный в русской армии, обнаруженный немцами в Прибалтике и выдвинутый ими, генерал-майор А. Е. Вандам. Начальником штаба корпуса стал генерал-майор Б. С. Малявин, начальником 1-й стрелковой дивизии — генерал-майор Никифоров. Но эти генералы — германофилы — долго не удержались. Патриотически настроенные старшие офицеры корпуса отказывались им подчиняться. Фактически обезглавленный корпус оказался брошенным. Деникину на юге было не до него. Генерал Юденич, ища поддержку, продолжал торговаться то с англичанами и французами, то с генералом Маннергеймом, осевшим в Финляндии, то с новыми властями Эстонии и Латвии. Многие русские генералы, к которым обращались группировавшиеся в Пскове монархисты, ответственность на себя брать не желали.
В связи с поражением Германии в Первой мировой войне и происшедшей там революцией Всероссийский Центральный Исполнительный комитет РСФСР 13 ноября 1918 г. аннулировал тяжелейший и позорный для Советской республики Брестский мирный договор. Германские войска должны были очистить все оккупированные ими российские территории, в том числе и Псков. Начался планомерный отвод немецких войск. По совместному соглашению с германским командованием Красная армия двигалась на запад по всему фронту, находясь в 10–15 километрах от отступающих немецких частей и уничтожая на своём пути мятежные отряды крестьян, «зелёных», национальные антисоветские формирования и белогвардейские части.