Противоречия в показаниях Шаховских вскрылись, когда их спросили о Коле Калюжном, мальчике, якобы слышавшем рассказ Волкивны Шаховской о бородатом мужчине, который, по ее словам, уволок Андрея утром 12 марта. Обе женщины, как и в предыдущий раз, выдали версии событий, противоречившие не только друг другу, но и их собственным недавним свидетельствам. Шаховская, кроме того, опять заявила, что полицейские давали ей указания насчет того, что следует сообщать о ее разговорах с Волкивной (см. Документ 43).
Шаткость позиции обвинения продемонстрировали и утверждения Шаховских о том, что, когда они видели Андрея 12 марта, при нем не было учебников. Соответственно, убийца (или убийцы) должен был оставить их в пещере, рядом с телом мальчика. Возможно, Андрей взял учебники с собой, отправляясь на кирпичный завод, и Бейлис забрал их, когда похитил мальчика. Но это предположение имело смысл только в том случае, если Бейлис действительно был убийцей. Более вероятно, что Андрей оставил учебники в квартире Чеберяк, когда в первый раз зашел туда утром 12 марта. После убийства Вера Чеберяк и «тройка» решили уничтожить все следы посещения Андреем квартиры, оставив учебники в пещере вместе с телом. Иными словами, только у убийц были мотивы и возможность сделать что-либо с учебниками.
Слабым местом обвинения стали также показания Петра Сингаевского: примерно через год после убийства он признался, что совершил его вместе с двумя другими членами «тройки» и Чеберяк. После увольнения из полиции Красовский уговорил С. Махалина, революционера со связями в криминальных кругах, сдружиться с Сингаевским. Махалин заручился поддержкой другого революционера, А. Э. Караева; оба согласились помогать Красовскому, возмущенные тем, что полиция старается возложить вину на Бейлиса. Сингаевский, в свою очередь, был польщен: сам Караев, легенда киевского преступного мира, просит помочь ему устроить побег заключенного! Позже Сингаевский рассказал Караеву и Махалину о своей причастности к убийству Андрея в подтверждение того, что он прошел криминальную закалку. Когда Махалин на процессе показал, что Сингаевский признал свою вину, тот подтвердил, что встречался с Махалиным, но опроверг свою причастность к преступлению. Власти сослали Караева в Сибирь, чтобы он не смог выступить на процессе. Данные Красовскому показания Караева, где он сообщил о признании Сингаевского, были зачитаны на суде, но Сингаевский стал отрицать показания Махалина, что играло на руку обвинению (см. Документ 44).
Показания Чеберяк, данные на процессе, не выдержали испытания вопросами защиты и возбудили подозрения в том, что она сотрудничала с властями с целью возложить вину на Бейлиса. Как она заявила следователям в середине 1912 года, перед смертью Женя утверждал, что Бейлис схватил его и Андрея. Полиция так и не задала ей вопроса о том, почему она лишь год спустя вспомнила этот важнейший с доказательной точки зрения эпизод. Скорее всего, она попросту сделала это по собственной инициативе или в сговоре с Чаплинским, чтобы прокурор получил желаемое – дополнительные сведения, которые можно использовать против Бейлиса, пусть даже неправдоподобные и ненадежные (см. Документ 45).
Суд также выслушал свидетеля, предположившего, что во время расследования Чеберяк изо всех сил старалась перевести подозрения с себя и своей шайки на других. К примеру, первоначально она обвиняла в гибели Андрея его мать и отчима. После встречи с Бразуль-Брушковским она стала утверждать, что убийство совершил ее бывший любовник, молодой француз Павел Мифле. Более того, она обвинила сестру Мифле в отравлении двух детей Чеберяков за то, что сама Чеберяк в конце 1910 года из ревности плеснула в лицо любовника кислотой. В отместку тот рассказал полиции, что Чеберяк стояла за рядом нераскрытых преступлений. Чеберяк была задержана и в начале 1911 года провела некоторое время за решеткой. Однако на процессе выяснилось, что обвинение в адрес Мифле было попыткой отвести подозрения следователей от нее самой.