Рейдерство шло рука об руку с другими преступлениями ОПГ Ходорковского. Одним из средств нажиться стал уход от налогов. В будущем примерявший на себя имидж "самой прозрачной компании России", ЮКОС платить налоги не хотел и не собирался. Чтобы не платить налоги, Ходорковский вновь прибегает к излюбленной практике — использованию фирм-однодневок. Они были зарегистрированы на территории закрытого административно-территориального образования (ЗАТО) — городе Лесной Нижнетуринского района Свердловской области, предоставлявшем налоговые льготы юридическим лицам. Тем не менее, по закону льготы могли быть получены только предприятиям, зарегистрированным в ЗАТО и не менее 80 % своей деятельности ведущим в на территории города Лесной. Фирмы-однодневки Ходорковского вообще никакой деятельности не осуществляли, а были по факту лишь отмывочной конторой для средств, получаемых предприятиями ЮКОСа. Поскольку Лесной рано или поздно ждала проверка, впоследствии все подставные фирмы были сняты с учета в Лесном, и в 2001 году присоединены к фирме "Перспектива оптимум", стоявшей на учете в Агинско-Бурятском национальном округе.
Всего, как установило следствие, в 1999 году Ходорковским и Лебедевым от имени подставных юридических лиц не заплатили налогов на 5,45 млрд рублей. В следующем, 2000 году неуплата налогов возросла вдвое — до 12 миллиардов рублей. Более того, структуры Ходорковского потребовали и получили от налоговиков возврата налога на прибыль на 128 миллионов рублей по якобы возникшей причине переплаты. Впоследствии Ходорковский предоставил в налоговые органы липовые документы о якобы имеющейся переплате налогов подставными фирмами и получил от государства возврата "переплаченных" налогов еще на 407 миллионов рублей.
Подобные фирмы-однодневки также платили налоги векселями от имени ЮКОСа. Существовала хитрая схема ухода от налогов — так называемый "обратный зачет", когда федеральные власти меняют задолженность компании перед федеральным бюджетом на задолженность региона, который, в свою очередь, имеет задолженность перед компанией. Вот как описывают эту схему в деталях: "Задолженность, как правило, носила фиктивный характер. В Волгограде дело обстояло так: область (согласно договору? 1) купила у некоего московского ТОО "Эмитент" нефтепродукты, которые (согласно договору? 2) отдала на ответственное хранение все тому же "Эмитенту". Затем (по договору? 3) нефтепродукты были проданы, но не за деньги, а за векселя мертвых фирм (в частности, в деле фигурировали вексель несуществующей фирмы "ЮНИЭЛ" на 36 миллиардов рублей и зарегистрированная по подложному паспорту фирма "Вымпел"). Так уж случилось, что история эта, в силу нелюбви волгоградского мэра к волгоградскому губернатору, вышла наружу: областная прокуратура завела дело, в московском офисе "Эмитента" при обысках изъяли договоры, заключенные с Курской, Свердловской, Воронежской, Челябинской, Тюменской областями — всего на сумму 1 триллион 869 миллиардов рублей"[49]
. Такая немудреная схема "налоговой оптимизации".Воруя из государственного, то есть нашего с вами кармана, миллиардами, Ходорковский не забывал и о "мелочевке". Олигарх активно и успешно пытался получить налоговые льготы для себя как для физического лица. Он уверял налоговые органы, что оказывает консультационные и управленческие услуги в качестве предпринимателя, осуществляющего деятельность без образования юридического лица, и представлял в доказательство этого факта подложные документы. Таким образом, Ходорковский оказался должен заплатить налогов государству за 1998 в сумме 3,8 миллиона рублей. Всего же за период 1998–1999 годов Ходорковский "зажал" 54,5 миллиона рублей подоходного налога и страховых взносов.
Со временем "профессиональный уровень" ОПГ Ходорковского рос и от банального рейдерства группировка перешла к хищению нефти через подставные фирмы, зарегистрированные на территориях с льготным налогообложением — Мордовии и Эвенкии. Схема стала более запутанной, но не менее преступной.
В 2001–2002 годах предприятия ЮКОСа передавали фирмам-однодневкам сырую нефть по цене 35–40 долларов за тонну (в этот период на мировом рынке стоимость тонны нефти достигала 140 долларов). Но, на самом деле продукция никогда не отгружалась в адрес "однодневок", а сразу шла покупателям. На бумаге же "однодневки" "продавали" нефть кипрским компаниям Routhenhold Holdings Limited и Pronet Holdings Limited (дочки ЮКОСа), которые, в свою очередь, реализовывали ее по рыночным ценам. В результате реализации этой схемы, на счетах некоего ООО "Ратибор", зарегистрированного в Эвенкии, в конце 2003 года были аккумулированы, а затем выведены в офшоры более 2,5 млрд рублей. Суд также посчитал, что руководители "Ратибора" присвоили нефть "дочек" ЮКОСа на 340 млрд рублей. Исполнителей этой комбинации — Владимира Переверзина и Владимира Малаховского осудили на 11 и 12 лет, соответственно за хищение 13 миллиардов долларов США, из которых 8,5 миллиарда долларов было легализовано. Суд вынес приговор даже жестче, чем просило гособвинение.