В мае 1919 г. командование 2-й советской армии по ходатайству Махно намеревалось преобразовать его разросшуюся бригаду в дивизию. Учитывая беспорядки в махновских частях, командование Южного фронта не утвердило реорганизацию. Тогда махновский штаб разразился заявлением, которое прозвучало как прямой вызов Советской власти. Объявив о «категорическом несогласии с постановлением Южфронта», штаб решил все 11 вооруженных полков пехоты, 2 полка конницы, 2 ударные группы, артиллерийскую бригаду и другие свои вспомогательные части преобразовать в самостоятельную повстанческую армию, поручив руководство этой армией Махно. Эту «армию» махновцы объявили подчиненной Южному фронту с условием, что. «оперативные приказы последнего будут исходить из живых потребностей революционного фронта».
Реввоенсовет Южного фронта объявил, что «действия и заявления Махно являются преступлением. Неся ответственность за определенный участок фронта 2-й армии, Махно своими заявлениями определенно вносит полную дезорганизацию в управление, командование и предоставляет частям действовать по усмотрению, что равносильно оставлению фронта. Махно подлежит аресту и суду ревтрибунала…».
События нарастали, 30 мая махновский «Военно-революционный совет» постановил созвать на 15 июня 1919 г. экстренный съезд Гуляйпольского района. В мотивировке этого решения махновцы выразили недоверие Советскому правительству, заявив, что «выход из создавшегося положения может быть указан только самими трудящимися массами, а не отдельными лицами и партиями». Советские органы запретили созыв съезда.
Учитывая предупреждение военного командования, Махно решил уйти с поста командира бригады Красной Армии. С небольшой группой приближенных он оставил войска в тяжелый момент деникинского наступления. Дезорганизаторские действия Махно и его отрядов нанесли большой вред фронту. «Махновщина принесла плоды гораздо более горькие, чем можно было предполагать раньше, — писала большевистская газета «Коммунар». — Наши неудачи в бассейне (речь идет об отступлении советских войск в Донецком бассейне. —
Вскоре вокруг Махно, порвавшего связи с Красной Армией, стали вновь группироваться вооруженные отряды. Приведи к нему свои части и бывшие махновские командиры (Калашников, Буданов, Дерменжи). Анархисты-«набатовцы» расценили конфликт Махно с Советской властью как отражение борьбы «вольной трудовой коммуны… свободного крестьянства с государственниками-большевиками» и приняли сторону Махно. В августе 1919 г. в махновский лагерь прибыл лидер «набатовцев» — известный анархист Волин (В. М. Эйхенбаум), который стал председателем махновского «Военно-революционного совета». Теперь «набатовцы» в полном смысле превратились в партию махновщины, а махновцы начали открытую борьбу с Советской властью.
В июле 1919 г. в район расположения махновских отрядов вошли уцелевшие григорьевцы. После переговоров Махно и Григорьева последовало решение об объединении махновских и григорьевских отрядов. А через несколько дней Григорьев был убит махновцами.
Бывший член махновского штаба Алексей Чубенко, арестованный впоследствии ГПУ, описывал это событие так. Рядовые махновцы были недовольны союзом с Григорьевым, которого они обвиняли в связи с деникинцами, и требовали, чтобы Махно покончил с этим контрреволюционером. 27 июля в селе Сентове Херсонской губернии (близ Александрии) на съезде повстанцев Чубенко выступил с обвинениями в адрес Григорьева.
«Сначала я ему сказал, — показал Чубенко в ГПУ, — что он поощряет буржуазию… Затем я ему напомнил, что он оставил у одного помещика пулемет, два ящика патронов, несколько винтовок и 60 пар черных суконных брюк… Потом я ему еще сказал, что он действительно союзник Деникина и не хотел наступать на Плетеный Ташлык, так как там были шкуровцы… Григорьев стал отрицать, я ему в ответ: «А кто же и к кому приезжали офицеры, которых Махно расстрелял?» Как только я это сказал, то Григорьев схватился за револьвер, но я, будучи наготове, выстрелил в упор в него… Григорьев крикнул: «Ой батько, батько!» Махно крикнул: «Бей атамана!» Григорьев выбежал из помещения, а я за ним и все время стрелял ему в спину. Он выскочил на двор и упал. Я тогда его добил. Телохранитель Григорьева выхватил маузер и хотел убить Махно, но Колесник стоял около него и схватил его за маузер… Махно в это время забежал сзади телохранителя и начал стрелять в него».
После убийства Григорьева Махно распорядился оцепить и разоружить войска Григорьева, которые в основной своей массе затем присоединились к махновцам.