В это время в ЦК ПЛСР, точнее в здании отряда ВЧК, у Попова, где в перерывах между заседаниями съезда Советов собиралась верхушка левоэсеровской партии, царило спокойствие, хотя «мятежная партия» должна была бы вести себя иначе, тем более, что к первой половине дня 6 июля слухи о предстоящем покушении на Мирбаха дошли не только до предупрежденных немцами Дзержинского и Карахана, но и до некоторых левых эсеров. Александровичу примерно в полдень о предстоящем покушении сообщил Блюмкин. Между часом и двумя о готовящемся акте узнали Прошьян (если, конечно, не он готовил покушение и не знал раньше), Карелин, Черепанов и Камков[25]. Эта группа членов ЦК ПЛСР, имевшая возможность предотвратить убийство, но решившая ничего не предпринимать, становилась соучастником преступления.
Между тем террористы, убив Мирбаха, приехали в особняк Морозова в Трехсвятительском (ныне Большом Вузовском) переулке. Кажется, сам Попов не придал происходящему особого значения. По крайней мере, отряд ВЧК работал как обычно. Попов в момент приезда Блюмки-на и Андреева беседовал в своем кабинете с комиссаром ВЧК большевиком и сотрудником отдела по борьбе с преступлениями по должности Абрамом Беленьким, которому и были представлены только что исполнившие террористический акт Андреев и раненый Блюмкин. Из отряда Попова Беленький вскоре уехал и отправился искать Дзержинского. Когда Беленький, наконец, нашел его в германском посольстве в Денежном переулке, шел пятый час[26].
Ленин, Свердлов и Бонч-Бруевич, переговорив с Беленьким, уехали в Кремль. Начали обсуждать, как именно громить левых эсеров. «Дело такое ясное, — сказал Ленин, — а вот мы обсуждали его более часа. Впрочем, ведь [левые ] эсеры еще более любят поговорить, чем мы. У них наверно теперь дискуссия в полном разгаре. Это поможет нам, пока Подвойский раскачается», — смеясь прибавил он[27]. Действительно, в ЦК ПЛСР все это время шли споры о том, как реагировать на сообщение Блюмкина об убийстве им германского посла и реагировать ли вообще. Между тем, было очевидно, что Блюмкина будут разыскивать, поскольку «выданные ему документы на его настоящее имя», т. е. мандат за подписью Дзержинского и Ксенофонтова, «остались в кабинете у графа Мирбаха», и «в ближайшем же будущем следует ожидать чьего-либо посещения с целью розыска Блюмкина в отряде Попова». Тем не менее в ЦК ПЛСР «решено было ожидать»[28].
В шестом часу вечера в сопровождении трех чекистов-большевиков — Беленького, Трепалова и Хрусталева — Дзержинский отправился в отряд Попова, чтобы арестовать «Блюмкина и тех, кто его укрывает»[29]. К этому времени уже были известны фамилии террористов, и было естественно ожидать, что большевики эти фамилии распубликуют для облегчения розыска. Между тем имена Блюмкина и Андреева держались в секрете вплоть до разгрома ПЛСР. Впервые Блюмкин был назван по имени лишь в официальном сообщении от 8 июля, написанном Троцким. В нем указывалось, что «некий Блюмкин произвел по постановлению» ЦК ПЛСР «убийство германского посла графа Мирбаха»[30]. Об Андрееве впервые упомянули 14 июля[31].
Но сам Андреев, являвшийся в глазах сотрудников германского посольства фактическим убийцей Мирбаха, исчез.
Ленин, Свердлов и Троцкий, видимо, рассматривали происходящее как совместный заговор ПЛСР и ВЧК. Именно поэтому против ПЛСР по распоряжению Троцкого были двинуты «артиллерия и другие части», ВЧК была объявлена распущенной, Дзержинский с поста председателя ВЧК снят, а на его место назначен Лацис (который должен был по своему усмотрению набрать в Комиссию новых людей). Поскольку в ходе операции по разгрому ПЛСР предполагалось окружить Большой театр, на специально созданную для того должность начальника охраны наружного кольца театра Троцкий назначил Фомина. Петере должен был арестовать фракцию левых эсеров съезда[32]— Лацис, тем временем, пытался сменить обычный караул у здания ВЧК, состоящий из чекистов, самокатчиками. От Троцкого же, со ссылкой на решение Совнаркома, Лацис получил приказ арестовать всех левых эсеров — членов ВЧК и объявить их заложниками. В ВЧК в это время находился заместитель Дзержинского левый эсер Закс, но он настолько искренне недоумевал по поводу лроисходящего, что Лацис арестовывать его не стал. А вот зашедшего в ВЧК члена коллегии левого эсера М. Ф. Емельянова «немедленно распорядился арестовать»[33].