Большевики удовлетворили просьбу Спиридоновой и арестовали ее, известив о том, что фракция ПЛСР на съезде Советов задержана. Тем не менее Спиридонова заявила большевикам, что ЦК ПЛСР берет на себя ответственность за убийство германского посла и что Дзержинский задержан. С этой минуты большевики имели полное право обвинять левых эсеров в заговоре. Услышав про арест Дзержинского, Свердлов поехал в Кремль, где информировал обо всем Бонч-Бруевича, а тот — Ленина[54]. Когда сопровождавшие Спиридонову матросы Попова вернулись в здание отряда ВЧК и рассказали о задержании Спиридоновой и левоэсеровской фракции съезда, это повергло ЦК ПЛСР в растерянность, «настроение в отряде с каждым известием становилось все более подавленным»[55]. «Для нас было ясно, — показал впоследствии Саблин, — что агрессивные действия против нас начаты. Это подтвердилось появлением вблизи отряда Попова патрулей, остановкой автомобильного движения, кроме тех, кто имел специальный пропуск, подписанный Лениным, Троцким, Свердловым»[56].
Но именно арест левоэсеровской фракции съезда во главе со Спиридоновой переполнил чашу терпения Попова и оставшихся на свободе членов ЦК ПЛСР; дни решили что-нибудь предпринять. Прежде всего левые эсеры издали «Бюллетень № 1», где сообщили, что в три часа дня «летучим отрядом» ПЛСР «был убит посланник германского империализма граф Мирбах и два его ближайших помощника». В Бюллетене далее говорилось о задержании Дзержинского, об аресте большевиками фракции ПЛСР на съезде Советов и о взятии Спиридоновой заложницей[57]. В то же время в ВЧК прибыла группа матросов из отряда Попова во главе с Жаровым и увела с собой Лациса и еще нескольких большевиков (Лацис ошибочно «предполагал, что караул успел смениться» самокатчиками, а оказалось, что замены произведено не было). Правда, Лацис уговорил Жарова разрешить сходить за забытой шляпой и воспользовавшись этим, забежал в комнату президиума ВЧК сообщить по телефону о происходящем. Но помочь Лацису большевики не успели (чекисты Попова отвели арестованных в штаб в Трехсвятительском переулке). По дороге освобожденный левыми эсерами Емельянов допытывался у Лациса, кто и почему отдал приказ об его аресте. Лацис молчал. В штабе Попов задал Лацису тот же вопрос: «кто распорядился арестовать Емельянова». Лацис ответил, что арестовал его по распоряжению Совнаркома. Тогда Попов объявил Лациса задержанным по постановлению ЦК ПЛСР и начал упрекать в том, что большевики заступаются «за мерзавцев Мирбахов», а задерживают тех, кто помог избавиться «от этого мерзавца»[58].
В три часа ночи задержали на автомобиле около Почтамта председателя Моссовета П. Г. Смидовича, показавшего днем позже, что встретили его «изумленно и вежливо» и не обыскали, но все-таки отвели «в качестве заложника в то же помещение, где находилось уже около 20 коммунистов вместе с Дзержинским и Лацисом»[59]. В отряде ВЧК Прошьян объяснил Смидовичу, что его «задерживают как заложника, ввиду того, что по распоряжению Совнаркома задержана Спиридонова и ряд других членов партии» левых эсеров[60]. К задержанным в целом относились с предупредительностью, а арестованных патрулями Попова[61] членов фракции РКП(б) съезда (рассылаемых по районам для организации разгрома ПЛСР на местах) немедленно отпускали «после стереотипного вопроса о судьбе фракции левых и они не отдавали себе отчета в том, что они сделали. Ни системы, ни плана у них не было»[62]. Отряд Попова, по существу, бездействовал. Это не осталось незамеченным для Вацетиса, который писал что «сведения о восставших были крайне скудны и сбивчивы», «левоэсеровские вожди пропустили момент для решительных действий» и положение большевиков было «весьма прочным». У левых эсеров, по мнению Вацетиса, сил «было мало, особенной боеспособностью таковые не отличались, энергичного и талантливого командира у них не оказалось; если бы таковой у них был, то он и левые эсеры не провели бы в бездействии 6 июля и всю ночь на 7 июля. Кремль для левых эсеров был неприступной твердыней»[63].