Тем не менее политика терпимости Валентиниана не смогла помешать идее независимости церкви. Он даже не смог предотвратить скандал века — выборы папы в 366 г. — когда 137 трупов остались лежать на брусчатке у римской базилики. Удачливым кандидатом оказался Дамас, создавший впоследствии конкордат, в котором роль папы существенно возросла. Популярный язычник Претекстат прокомментировал величие папы следующим замечанием: «Сделайте меня епископом Рима, и я сразу приму христианство».
Но оказалось, что епископ не Рима, а Медиолана (Милан), резиденции императора, в то время поднял власть церкви на новую высоту. Это был Амвросий, возглавивший епархию с 374 г. до самой своей смерти в 397 г. В отличие от предыдущих доктрин, Амвросий заявил: «Император не над церковью, а в церкви … Кто читал Священное писание, тот знает, что это священники судили императоров … Хороший император не отказывается от помощи церкви, а ищет ее». Эти слова были адресованы Валентиниану II, который использовал автора таких заявлений для важных политических миссий.
У Амвросия были два широко известных столкновения с Фе-одосием I. В обоих случаях священник выходил победителем. Первое — в 388 г., когда епископ Востока приказал сжечь еврейскую синагогу в Нисеферии Каллиник (Рагга) в Сирии, а Феодосии потребовал ее восстановить и наказать поджигателей. Амвросий, выступая с кафедры проповедника, призвал императора выразить сожаление о содеянном и не стал служить мессу, пока император не отменил свое решение. Двумя годами позже, когда в Фессалонике линчевали армейского командира за то, что он посадил в тюрьму популярного возничего, Феодосии в наказание приказал вырезать семь тысяч человек. Амвросий отказался допустить императора к мессе и наложил эпитимию. Это были исторические моменты. Подчинившись в обоих случаях призывам Амвросия, Феодосии самым очевидным образом уступил власти церкви.
После смерти Амвросия духовная инициатива вернулась из Милана в Рим, где папа Иннокентий I (401—417) ясно показал, что новая церковная администрация будет облечена властью не в миланской епархии, а здесь, в Риме. Когда Аларих со своими вестготами подошел к Риму, Иннокентий оказался единственным национальным лидером, чей престиж был достаточен для ведения переговоров. Позже папа Лев I (440—461) вел аналогичные переговоры с Аттилой и добился впечатляющего успеха. Точка зрения Льва была такова, что сотрудничество между государством и церковью взаимовыгодно, как контрактные соглашения, хорошо известные каждому римскому юристу.
Некоторые мыслители тех времен, включая Иеронима и Сальвиана, сожалели о стремлении церковников присоединиться к комфортному существованию правителей и их окружения. Но многие другие были в восторге от союза между духовной и светской властями, подчеркивая, что совпадение во времени рождения Христа и Империи было совсем не случайным.
Действительно, этот союз, как и предполагалось при его заключении, мог оказаться фактором, цементирующим разобщенный римский мир. Но случилось прямо противоположное, поскольку чрезмерное усердие, с которым гражданские власти выполняли требования своих духовных партнеров, усиливало ортодоксальность церкви и давление ее на всех тех, кто не соглашался с официальными доктринами. Такими способами государство и церковь превращали различия во мнениях и доктринах неискоренимую враждебность.
Намерение использовать насильственные методы в насаждении веры, было основано на ужасной интерпретации текста Евангелия от Луки, в котором Иисусу приписывались следующие слова: «Выходите на дороги и тропы и заставьте их прийти сюда, чтобы дом мой был полон». В позднем Риме эта фраза, ак и изречения св. Павла, использовались церковью и государством как основание для проведения фатальной политики принуждения.
Проблема возникла в самой острой форме еще в начале царствования Константина. Когда он смело обратил страну в христианство, подавляющее большинство его подданных были язычниками. Это было некоторым препятствием на пути к гармонии, которое, император не сомневался, обязательно будет преодолено. Вначале он заявил, что собирается «разрешить тем, то ошибается, быть свободными и наслаждаться тем же миром спокойствием, что и те, кто верит». Но в конце царствования сопротивление оппозиции заставило его резко изменить эту умеренную позицию. Сокровища языческих храмов были конфискованы, и, в конце концов, были запрещены языческие жертвоприношения. Затем его сын Констанций II, чья личная благочестивость усиливалась террором магии, развязал борьбу против язычества, издав в 346 и 356 годах законы, носившие чрезвычайно репрессивный характер.