Сергея Алексеевича избрали председателем ученого совета филиала ЦАГИ, членом редакционной коллегии журнала "Техника Воздушного флота", а затем и председателем Комитета ученых. Главной заботой С. А. Чаплыгина стало ускорение строительства лабораторий филиала Центрального аэрогидродинамического института. С этими вопросами он нередко обращался в наркомат. В кипучей деятельности Сергей Алексеевич пребывал вплоть до последних своих дней. Тяжело заболев, он скончался 8 октября 1942 года.
Огромную роль играл и Центральный институт авиационного моторостроения ведущий центр этой отрасли в стране. Интересна история его создания. Для того чтобы двинуть дело моторостроения вперед и превратить Советский Союз в великую авиационную державу, требовалось создать для этого соответствующую материальную базу. В 1930 году большая группа авиационных инженеров-коммунистов обратилась в Центральный Комитет партии с письмом, в котором говорилось: "За все тринадцать лет... разными организациями было запроектировано более 40 авиационных двигателей. 30 из них сданы в производство, около 15 построено, но ни один не стоит и, вероятно, не будет стоять на самолетах. Наше опытное строительство было бесплодно, и одной из основных причин этого надо считать отсутствие концентрированной базы опытного строительства".
Такая база была создана - появился Научно-исследовательский авиамоторный институт с опытным заводом, что тогда было величайшей редкостью. В институте начались работы над бензиновыми и нефтяными (дизельными) двигателями. И хотя очень многого не хватало - и кирпича, и хлеба, и станков, и одежды, и опыта,дело стремительно пошло вперед. Было главное - в Центральном институте авиационного моторостроения формировался коллектив энтузиастов, людей, бесконечно преданных делу, чувствующих свою ответственность за судьбы страны.
"Нельзя не помянуть добрым словом наших экспериментаторов и производственников,- вспоминал конструктор авиадизелей А. Д. Чаромский, о котором будет сказано дальше,- буквально на своих плечах вынесших этот груз, в котором не знаешь чего было больше - борьбы за качество материалов, за точность обработки деталей или за технологичность конструкций. В опытном строительстве индивидуальные черты каждого работника особенно заметны и важны. Но мне хочется здесь отметить то, что было присуще всем, о ком идет речь. Это - горячая увлеченность делом, которому они отдавались полностью, не за страх, а за совесть".
За работой ЦИАМ внимательно следил Центральный Комитет партии, который давал необходимые указания и оказывал постоянную помощь при решении встававших перед опытным моторостроением задач. ЦИАМ стал настоящей кузницей кадров авиамоторного производства. Он был связан теснейшими узами с заводами и их моторостроительными конструкторскими бюро, которые являлись центром научной мысли и во многих случаях экспериментальной базой в наиболее сложной области самолетостроения. Перед началом войны, как и во время войны, Центральный институт авиационного моторостроения работал с большой отдачей.
В январе - феврале 1940 года мы уже смогли провести наземные испытания новых самолетов: отработали винтомоторные группы, отстреляли оружие в тире, сделали многое другое. В начале марта, с приходом весны, приступили к полетам. Летчики были заранее прикреплены к строившимся машинам и потому заблаговременно познакомились с особенностями их конструкции, вооружением, оборудованием, что позволило ускорить испытания. В ту пору для этого делали все. Заводы выделяли специальные ночные бригады, которые быстро устраняли неполадки, выявившиеся в дневных полетах. Такие же бригады работали и днем. Практически работали круглые сутки - люди сменяли друг друга лишь для отдыха. Конечно, это давалось большим напряжением, но зато был и результат -- на рассвете, к четырем-пяти часам утра, самолет снова был готов к полетам.
Для ускорения летных испытаний Центральный Комитет партии поручил нам разработать специальную систему премирования, не практиковавшуюся до сих пор. Летчики-испытатели, инженеры, механики, все, кто готовил самолеты к полетам, поощрялись за проведение испытаний в короткие сроки.
Однако не это в конечном счете решало успех дела. Летный состав, все, кто принимал участие в испытаниях новых самолетов, понимали, как сложна международная обстановка и в какой срок мы должны ликвидировать наше отставание в самолетостроении.