Для борьбы с десантами на местах были сформированы 33 истребительных батальона. Два полка 48-й КД, сменившей после начала войны 32-ю, должны были играть роль подвижной ударной группы. Третий полк дивизии обеспечивал стратегически важный Чонгарский мост и район Джанкоя, являвшегося крупным железнодорожным узлом.
Кроме аэродромов потенциальных, к которым была отнесена вся степная часть Крыма, на полуострове имелись еще 35 аэродромов настоящих. Из них только четверть охранялась хорошо вооруженными и обученными специальными караульными авиачастями, остальные находились под наблюдением все тех же истребительных батальонов, что не обеспечивало должного уровня охраны.
Большие расстояния мешали войскам прикрытия быстро добраться до любой точки полуострова, где мог высадиться десант. Правда, высаживаться в голой степи значительным силам противника не имело смысла, так как их там было легко обнаружить, окружить и уничтожить.
Однако командование корпуса, действуя в духе жестких требований Ставки, не считало такую возможность маловероятной.
Для быстрой ликвидации любого высадившегося десанта
Симферополь, являясь «центром управления и базой снабжения Крымского полуострова», почти не имел зенитной артиллерии. Такая же ситуация была и в Джанкое. Для прикрытия этих объектов требовалось не меньше двух зенитных дивизионов.
В первой декаде августа оборонительные работы в районе перешейков наконец начались. Правда, сил для организации этаких работ в распоряжении командования войсками Крыма имелось пока не много. 9-й корпус не располагал органами и частями оборонительного строительства. Поэтому основная тяжесть работ по инженерной подготовке полуострова к обороне легла на плечи местных руководителей, которые уже успели поучаствовать и в противодесантной обороне полуострова.
Еще 7 июля 1941 г. крымские обком партии и Совет народных комиссаров издали директиву, где потребовали от руководителей Крыма развернуть по всей территории оборонительное строительство. В директиве говорилось
Из ресурсов народного хозяйства Крыма для строительства и установки проволочных заграждений было выделено 500 тыс. кольев, 1406 т колючей и 534 т гладкой проволоки. Для строительства огневых точек было предоставлено 3866 куб. м лесоматериалов и 108 т цемента.
После утверждения планов оборонительного строительства Керченский горком партии направил на Перекоп группу инженеров для установки противотанковых заграждений.
На Керченском металлургическом комбинате им. Войкова в спешном порядке было организовано массовое производство двухметровых стальных надолбов, которые устанавливались в специально отрытых траншеях на северной позиции и заливались бетоном.
На строительстве укреплений было задействовано около 40 тысяч жителей Крыма, в основном женщин и подростков.
В оборудовании оборонительных позиций на перешейке оказало помощь и командование главной базы флота. Группа минёров главстаршины Мосякина, используя выделенные базой морские мины, минировала Сиваш и Перекоп. Обладающие большой мощностью мины вместе со специально подготовленными фугасами оснащались электродетонаторами и устройствами проводного подрыва, после чего устанавливались в предполье обороняемых позиций.
Южный фронт выделил для оборонительных работ первое из четырех созданных решением его Военного совета управлений военно-полевого строительства. Его возглавил генерал-майор Новиков. Позднее из-под Одессы сюда было переброшено и 2-е УПВС полковника Шурыгина.
Однако строительство укреплений, центр тяжести которого наконец начал смещаться на перешейки, не означало изменения общего плана обороны Крыма. Для обороны возводимых на Перекопе весьма скромных укреплений не выделялось стрелковых частей.
Наоборот, один из батальонов 106-й СД по требованию командования ЧФ был отправлен в Скадовск для охраны объектов под Николаевым.