Часть актива партийных и советских органов была первоначально эвакуирована из степного Крыма в район Алушты, куда было завезено около 200 тысяч тонн муки и большое количество иного продовольствия, а также предметов первой необходимости.
От кого исходила инициатива сосредоточить партхозактив в горном Крыму, неизвестно, но последствия такого решения оказались трагическими. 51-я армия отошла к Ак-Монайским позициям, Приморская — на Севастополь, и немцы почти с ходу ворвались в горную часть Крыма. Выбраться из нее удалось немногим. Более 5 тысяч коммунистов, то есть более четверти партийной организации полуострова, погибли и пропали без вести, не успев добраться до эвакопунктов. Еще три тысячи человек были вынуждены остаться на оккупированной территории. Около тысячи человек ушли в партизанские отряды. Примерно 7 тысячам удалось выбраться с полуострова самостоятельно.
Смена приоритетов (17 июля — 13 августа)
15 июля 1941 г. вышла директива № 00356 Ставки ВК «О строительстве оборонительных рубежей». 4-й пункт директивы предусматривал: «
Персональная ответственность за возведение рубежей на Крымском перешейке и на побережье Крымского полуострова возлагалась на командира 9-го стрелкового корпуса. Строительство рубежей предписывалось начать немедленно и закончить не позднее 30 июля 1941 г. (ЦАМО РФ, ф. 48а, оп. 3408, д. 4, д. 43–45). В жизнь эта директива была проведена лишь частично, причем строительство укреплений на перешейке шло с наибольшими задержками.
По-прежнему продолжалось совершенствование противодесантной обороны, которую уже развернули и в районе перешейков. Теперь корпус (при живейшем одобрении командования флота, постоянно обнаруживавшего очередные намерения противника высадить десант в Крыму) занимался обеспечением морских секторов Перекопских, Чонгарских позиций и Арабатской стрелки. Там создавалась система инженерных заграждений, а позднее стали строиться пулеметные и артиллерийские ДОТы. Позднее к оборонительным работам были привлечены и флотские инженеры.
17 июля положение войск на Южном фронте резко ухудшилось. Части 9-й армии оставили Кишинев, а 19 июля начали отход за Днестр. После этого командование войсками Крыма впервые проявило интерес к Перекопскому перешейку.
Командующий войсками генерал-лейтенант Батов в сопровождении командира 106-й СД полковника Первушина выехал на Перекопский перешеек. Посещение Перекопа произвело на командиров неприятное впечатление. В ровной степи, без каких-либо естественных укрытий, ничто не защищало даже от огня стрелкового оружия. Как сказал Батову впервые увидевший местность полковник Первушин,
Перекопский перешеек, соединяющий Крым с материком, имеет ширину от 8 до 23 километров при длине около 30 километров. Тут проходят шоссейная дорога к Каховской переправе через Днепр и железная дорога Джанкой — Херсон. Самое узкое место находится на севере, у деревни Перекоп, где еще в старину перешеек был перегорожен так называемым турецким, или Перекопским, валом — старинной земляной насыпью. Несколько южнее его расположен небольшой поселок Армянск. На юге перешеек достигает 15 километров в ширину, и здесь находятся пять довольно крупных озер. Дефиле между ними получило название Ишуньских позиций — по имени близлежащей деревни. С востока Перекоп омывает Сиваш, с запада — Каркинитский и Перекопский заливы Черного моря. Как и на севере Крыма, местность здесь равнинная. Она трудна для наступающих войск, но для ее обороны все равно были нужны укрепления.
Из укреплений же на Перекопе командующему удалось обнаружить только турецкий вал, старую крепость Ор-Калу и старые белогвардейские окопы, возведенные оборонявшимися здесь в 1920 году войсками Врангеля.