При этом Ставка, очевидно, под впечатлением от предложений Октябрьского, не только пересмотрела свое отношение к роли флота в обороне Крыма, но и пошла на такой беспрецедентный шаг, как подчинение Черноморского флота командованию армии. Правда, с оговоркой: «
Сам командующий Черноморским флотом после полученных руководящих указаний немедленно пересмотрел свое отношение к обороне полуострова и в этот же день распорядился «
После чего между командованием ЧФ и командованием 51-й армии начались оживленные переговоры, в которых обе стороны пытались договориться
Кроме того, командующий ЧФ просил разрешения на формирование двух 76-мм подвижных железнодорожных батарей для нужд обороны ГБ. И одновременно с этим
16 августа командующий ЧФ представил на утверждение наркому ВМФ план установки на Перекопском перешейке четырех морских батарей с личным составом. Для этого формировались две четырехорудийные 130-мм батареи и перебрасывались из Севастополя батареи № 12 и № 13.
Непосредственно на Перекопском перешейке и на южном берегу Сиваша были установлены батареи морских орудий 100–152-мм калибра. Для сокращения сроков строительства батареи устанавливались на деревянных основаниях. Работы велись с максимально возможной скоростью. Весь комплекс сооружения батарей занимал от трех до семи суток. Начальник строительства № 7 Черноморского флота военинженер 2 ранга Геловани впоследствии вспоминал:
17 августа разведка ЧФ в очередной раз сообщила, что, по агентурным данным, немцы готовят десант в Крым из румынских и болгарских портов и что десант будет поддержан авиацией, действующей из района Николаева (АО ЦВМА РФ, д. ШТ № 768, л. 128).
Командующий армией в этот же день своим первым приказом № 001 «На оборону Крыма» отреагировал на выход противника к Днепру. (Этому приказу было суждено сыграть роковую роль во всей дальнейшей обороне полуострова. Приказ носил явно поспешный характер и не был проработан до конца.) Действуя в рамках изданной Ставкой директивы, но ориентируясь на полученную от командования флотом информацию, Кузнецов принял решение возложить на 9-й СК оборону Перекопского перешейка, Чонгара и Евпаторийского полуострова.
При этом приказ определял только «передний край главной обороны», который должен был проходить по Генической горке, северному берегу Чонгарского полуострова, южному берегу Сиваша и Перекопскому валу, не указывая, какими силами должны обороняться эти позиции.
На перешейках система обороны должна была строиться в несколько эшелонов, но приказом намечалась только линия расположения частей первого из них: Геническ — Новодмитриевка — Первоконстантиновка — Второконстантиновка; какие части должны ее занять, также не указывалось. На Евпаторийском полуострове надлежало оборонять северо-западную и юго-западную части побережья.
По сути, приказ предусматривал только то, какие части корпуса не должны были находиться на оборонительных позициях. Таковыми являлись 2 полка 271-й СД, выводившиеся в корпусной резерв в районе Новоивановки, Ташкуя и Александровки, а также один полк 106-й СД с придаваемым ему артдивизионом, оставляемый для обороны Евпаторийского побережья, и один батальон 156-й СД, оставляемый для обороны Феодосии.
Из трех имевшихся в распоряжении командующего армией кавдивизий 42-я, расположенная в северной части Крыма, должна была обеспечивать контрудар в полосе обороны частей, занимающих перешейки. 48-я, расположенная в южной части, должна была наносить удары в случае высадки десантов противника в Керчи и Феодосии, а также в случае высадки десантов в районе Севастополя и Евпатории. 40-я дивизия, располагавшаяся между ними, должна была в случае необходимости наносить контрудары как в направлении перешейков, так и в сторону Севастополя и Евпатории.