Фактически уже после того как боевые действия на участке завершились, на Тендровскую косу стала прибывать истребительная авиация. Первыми на нее перебазировали шесть истребителей 96-й отдельной авиаэскадрильи Дунайской военной флотилии. Действия в специфических условиях косы на первых порах вызывали у пилотов значительные трудности. 27 сентября при посадке истребитель И-15 налетел на другой истребитель, И-153, стоявший на аэродроме. Оба самолета сгорели, но летчику удалось спастись.
Прибытие советских истребителей, которым вскоре удалось добиться первых побед (28 сентября в районе соляных озер ими был сбит Ю-88), сразу снизило активность авиации противника.
Однако скоро из-за аварий и поломок из оставшихся четырех машин летать могла уже только одна, и командир участка Кузьмичёв донес командующему флотом, что для обеспечения безопасности перевозок между Одессой и Севастополем на участке необходимо иметь не менее шести машин. Учитывая директиву Ставки о переброске Приморской армии в Одессу, командующий флотом впервые в истории участка дал больше, чем просили, — выделив сразу девять машин.
Тылы Дунайской флотилии, переброшенные во время эвакуации участка на Тендру, теперь постепенно эвакуировались в Ак-Мечеть, а оттуда в Севастополь. На острове, помимо эскадрильи, остались только 463-я зенитная батарея, подразделения 2-го Черноморского полка и два бронекатера.
С потерей берегового плацдарма значение Тендровского участка упало. Разворачиваемая на нем авиация была нужна для обеспечения безопасности идущих в Одессу конвоев, но противника это уже особо не интересовало. Интенсивность налетов вражеской авиации уменьшилась, и с начала октября командование ЧФ стало снимать с него артиллерию и направлять ее в Севастополь для защиты главной базы флота.
Так, в Севастополь было приказано отправить три 122-мм гаубицы, десять зенитных пушек 46-го зенитного дивизиона и два 45-мм корабельных орудия. На Тендре из зенитных частей предписывалось оставить 36-й отдельный зенитный артиллерийский дивизион в составе 361-й, 362-й и 363-й батарей. Личный состав отправленных батарей надлежало командировать в Севастопольский флотский экипаж.
1 октября на участке произошло чрезвычайное происшествие, о котором было доложено непосредственно наркому ВМФ Кузнецову. Бывший командир участка полковник Костюченко, давно находившийся в натянутых отношениях с командованием Черноморского флота, будучи в разведке, ночью перебежал к немцам.
Сведения об обстановке на Тендровском участке особой ценности для противника не представляли, но Костюченко, как писал член Военного совета ЧФ дивизионный комиссар Кулаков заместителю народного комиссара ВМФ армейскому комиссару 2 ранга Рогову,
Изъятие частей с участка после получения распоряжения об эвакуации Одессы с каждым днем принимало все более широкий масштаб. 3 октября на крейсере «Червона Украина» в Севастополь был отправлен 2-й батальон 2-го Черноморского полка морской пехоты. 11 октября в Севастополь были доставлены подразделения 9-й и 51-й армий, находившихся на Тендровском боевом участке. После жестоких сентябрьских боев от них мало что уцелело. От 2-го батальона 106-й СД осталось 100 человек, батальон 469-го СП 150-й СД насчитывал 159 человек, строительный батальон — 167 человек. Меньше всего бойцов осталось в батальоне 78-го СП 74-й СД — всего 80 человек.
16 октября с участка крейсером «Красный Аджаристан» был эвакуирован и 1-й батальон Черноморского полка. Истребители Тендровского участка в этот день вели ожесточенные бои с авиацией противника, прикрывая конвои, уходящие из Одессы в Севастополь. В воздушных боях четыре советских истребителя получили повреждения, а еще один пропал без вести. Чтобы нейтрализовать действия истребителей, защищавших конвои, немцы нанесли по аэродрому на Тендре четыре бомбовых удара, но советские пилоты продолжали прикрывать конвои, пока все они не добрались до Ак — Мечети. В воздушных боях над Тендрой в этот день были сбиты три машины противника. Один Ю-87 был уничтожен истребителями, по одному самолету удалось сбить зенитной артиллерии острова и зенитчикам эсминцев.
На следующий день после прохождения конвоев немцы наконец высадили так давно ожидавшийся командованием участка десант. Но не на саму Тендровскую косу, а на находящийся восточнее нее остров Джарылгач. Десантников было около 50 человек, и численно они значительно превосходили находившийся на острове пост СНиС. Личный состав поста сообщил на Тендру о нападении и оказал противнику яростное сопротивление.