Согласно этому приказу в состав 4-го дивизиона подводных лодок вошли Щ-211, Щ-212, Щ-213, Щ-214, Щ-215 и по вступлении в строй Щ-216, плавбаза «Эльбрус». Командиром 4 ДПЛ назначен капитан 3-го ранга Успенский.
С 1 февраля 1941 г. командиром Щ-216 был назначен капитан-лейтенант Г.Е. Карбовский.
На 22 июня 1941 г. лодка находилась в Очакове на заводских испытаниях.
2 июля. ПЛ Щ-216, находившаяся в Очакове на заводских испытаниях, совершила переход в Николаев, а затем 3 июля вышла в Севастополь, куда и прибыла 4 июля.
В связи с начавшимися военными действиями, испытания были проведены по весьма сокращенной программе, все обнаруженные недостатки не были устранены в полном объеме, но, несмотря на это, лодка уже 3-го июля перешла в Севастополь. До 10 августа экипаж «Щуки» продолжал устранять различные недостатки, одновременно отрабатывая две задачи КПЛ-41 — управление подводной лодкой в надводном и подводном положении.
2 июля 1941 г. в связи с полученными задачами по обеспечению коммуникаций на театре, Военный совет ЧФ представил на утверждение народному комиссару ВМФ новую дислокацию кораблей и ПЛ.
В Главной базе — Севастополе оставались базироваться: 1 БПЛ в составе трех подводных лодок типа «Д», трех — типа «Л», четырех — типа «С», шести — типа «Щ» и ПБ «Волга»;
В Балаклаве — Вторая БПЛ в составе восьми подводных лодок типа «М».
В Феодосии — 3 БПЛ в составе семи подводных лодок типа «Щ», двух сторожевых катеров МО и ПБ «Нева».
10 августа 4-й ДПЛ и в его составе ПЛ Щ-216, перебазировался из Севастополя в Феодосию. Несмотря на то, что в Феодосии не было такой мощной технической базы, как в Севастополе, в основном с помощью экипажа и небольшой группы ремонтников лодка была все-таки доведена до определенной степени технической готовности, позволившей 17 августа подписать ее приемный акт.
До 23 августа экипаж в срочном порядке почти полностью своими силами продолжал осуществлять так называемый навигационный ремонт: мелкий ремонт механизмов, устройств, технических средств и корпуса, выполняемый личным составом во время навигации.
Здесь следует особо остановиться на боевой подготовке экипажа Щ-216. Как видно из предыдущих событий, времени на нее практически не было. Что мог успеть сделать командир и экипаж в условиях почти непрерывного ремонта? Скорее все были отработаны вступительные и первые четыре задачи КПЛ, а также, возможно, выполнено по одной дневной и ночной торпедной и артиллерийской стрельбе. Но и тут 216-й опять не повезло.
К этому времени подоспел следующий приказ:
На этом боевая подготовка экипажа была завершена, и в действие вступило новое правило, введенное вскоре после начала войны. Согласно ему, все вступавшие в строй подводные лодки после завершения курса боевой подготовки обычно выходили на позицию в дальний дозор у своих баз. Там они устраняли обнаруженные упущения и недостатки в подготовке и отрабатывали позиционную службу. Фактически вновь вступающие в строй субмарины проходили на позициях дозора заключительный этап своего организационного периода боевой подготовки и подготавливали себя к действиям на коммуникациях у берегов противника.
Не стала исключением из этого правила и Щ-216.
24 августа
лодка была срочно послана в дозор на позицию № 2 в район юго-западнее мыса Сарыч.