Главным для России является выполнение Черноморским флотом его прямого предназначения — обеспечение российских военно-политических интересов, участие в международном сотрудничестве, в том числе в целях противодействия международному терроризму. Для этого флот должен иметь возможность беспрепятственно пересекать границы. Однако при выполнении флотом этих задач украинской стороной предъявляются разного рода претензии. Высказываются надуманные опасения, что возможный рост военной мощи флота может создать для Украины проблемы на международной арене. Так, несколько лет назад российская сторона запланировала перебазировать дизельную подводную лодку с Северного флота в Севастополь взамен списанной лодки аналогичного класса. Базовые соглашения не исключали такой замены. Украинская сторона обещала подготовить проект соответствующего соглашения. После трех лет обещаний пришел отрицательный ответ — проект не прошел межведомственные согласования.
К имущественной группе претензий относятся вопросы оплаты аренды украинской территории для размещения Черноморского флота России, к проведению инвентаризации объектов, используемых флотом, передаче Украине средств навигационно-гидрографического оборудования безопасности мореходства на побережье Крыма.
Россия ежегодно в соответствии с базовыми соглашениями платила за аренду базы в Севастополе более 97 млн. долларов США. Но украинская сторона постоянно поднимала вопрос об увеличении арендной платы. В 2005 году Президент В. Ющенко высказался за пересмотр арендной платы в соответствии с мировыми стандартами. В январе 2006 года глава Госкомитета по земельным ресурсам Украины Н. Сидоренко заявил, что России в случае перехода на мировые расценки придется платить «миллиарды долларов» за арендованную Черноморским флотом землю. В октябре 2006 года заместитель министра иностранных дел Украины В. Огрызко внес предложение об увеличении арендной платы за пребывание Черноморского флота России в Крыму, отметив при этом, что вопрос может быть решен только после получения необходимой информации по инвентаризации соответствующих земельных участков и других объектов.
Российской стороной неоднократно заявлялось в этой связи, что размер арендной платы не подлежит обсуждению. Он установлен межгосударственным соглашением, которое может быть изменено только на основании взаимного согласия сторон.
В декабре 2005 года Украина объявила о необходимости проведения инвентаризации всех объектов, используемых российским Черноморским флотом. В средствах массовой информации Украины была опубликована информация о незаконном использовании Черноморским флотом сотен гектаров земли и других объектов, об астрономических доходах флота от субаренды. В действительности же оказывается, что ни в Украине, ни в России не было точной информации о количестве арендуемых Черноморским флотом объектов.
При подписании соглашений по Черноморскому флоту в 1997 году украинская сторона была больше озабочена выгодами от раздела Черноморского флота, чем вопросами практической реализации международно-правовых основ базирования российского флота на территории Украины. Многие правовые вопросы (в частности, арендных отношений) остались неотрегулированными. Украинскую сторону не устраивает, в частности, то, что Россия де-факто контролирует военную инфраструктуру Севастополя и части Крыма, получает возможности для их развития и использования{110}
.С юридической точки зрения соглашения по Черноморскому флоту в целом соответствуют общеевропейским принципам и нормам международного права, а также основным положениям Закона Украины о порядке допуска и условиях пребывания подразделений вооруженных сил других государств на территории Украины{111}
. Согласно заключенным соглашениям российская сторона обязана уважать суверенитет Украины, придерживаться ее законодательства и не допускать вмешательства в ее внутренние дела. Черноморскому флоту запрещено иметь ядерное оружие, его деятельность ограничивается районами дислокации сил флота, учебными центрами и полигонами. Пересечение украинской границы войсками и лицами, которые входят в состав Черноморского флота России, должно осуществляться в соответствии с пограничным, таможенным и другими видами государственного контроля Украины. Черноморский флот обязуется предпринимать все необходимые меры для сохранения экосистемы и предупреждать загрязнение в местах дислокации.Для разрешения военно-политических вопросов функционирования Черноморского флота Российской Федерации и его пребывания на территории Украины 24 апреля 1998 года создана и действует Подкомиссия в рамках Смешанной российско-украинской комиссии по сотрудничеству. В компетенцию подкомиссии входят разработка согласованных подходов, механизмов реализации межгосударственных решений по функционированию Черноморского флота, содействие в разработке проектов дополнительных соглашений и их реализации.