В тяжелом положении оказались и защитники Севастополя. Возможностей Крыма не хватало для снабжения армии, перевозка по морю практически исключалось в сколько-нибудь значительных объемах. Всё необходимое: продовольствие, фураж, дрова, боеприпасы — необходимо было доставлять гужевым транспортом. Для перевозки всего необходимого требовалось 132 600 подвод, тогда как в подвижном армейском магазине имелось только 7000. Разницу поставляли жители близлежащих губерний. В районе Перекопа в естественном сужении сталкивались линии снабжения и эвакуации — тысячи волов и подвод тянули в сторону Севастополя боеприпасы и продовольствие, и увозили раненых и пленных оттуда. Всю эту массу необходимо было обеспечить продовольствием, фуражом и водой, и, кроме того, рационально организовать ее движение.
Проблемы со снабжением города и эвакуацией раненых начались уже в конце 1854 г. Поначалу сложно было вывезти даже имевшиеся в городе четыре тысячи раненых. Их приходилось вывозить небольшими партиями. «Дороги из Симферополя сюда, — писал Меншиков, — в такой степени разбиты, недостаток в фураже таков, что никто, ни возчики, ни кулаки, даже за баснословные цены не решаются взять на себя перевозку чего-либо». Власти предпринимали все возможные меры для преодоления этих проблем.
«В вязкой грязи, толкаясь по рытвинам, спускаясь с гор и поднимаясь на горы, — писал 21 ноября (3 декабря) 1854 г. приехавший в осажденную крепость Н. И. Пирогов, — тянулись ряды телег и арб, нагруженные сеном, сухарями и ранеными, по 2 и 4 человека на телегу скучены были раненые защитники Севастополя, отправлявшиеся в Бахчисарай и оттуда в Симферополь, где их ожидала та же самая участь, то есть быть сваленными на нары и валяться в грязи и нечистоте под наблюдением врачей». Поскольку поначалу не были организованы ни этапы, ни кормление раненых, ни элементарный уход за ними в дороге, то медицинские потери при такой постановке эвакуации были велики. Голая степь не представляла возможности найти убежище от ветра, особенно зимой. Полушубки для медицинских транспортов при перевозке больных и раненых были заказаны лишь весной 1855 г. До этого пришлось ограничиваться выдачей двух шинелей. Этого было недостаточно для зимы. Как отмечал один из современников, «где стоянка, там и кладбище». Стоянок было немало. Дорога от Бахчисарая была забита транспортом на протяжении 30 верст, огромные пробки приводили к тому, что переезд от Севастополя до Симферополя — 60 верст — занимал от 10 до 12 дней.
Чрезвычайно велика была и проблема организации лечения и размещения больных и раненых. Сразу же после Альмы обнаружилось, что медицинских возможностей армии и флота в Крыму совершенно недостаточно для решения возникших проблем. К моменту высадки союзников в госпиталях Севастополя, Симферополя, Феодосии, Керчи и Перекопа имелось 1950 мест, вместе с городской больницей Симферополя, запасными госпиталями и лазаретами можно было обеспечить всего 3000 мест, то есть госпитальных возможностей на полуострове едва хватило для раненых под Альмой. В конце сентября 1854 г. по распоряжению Меншикова в Крыму для армии были освобождены два госпиталя на 1200 мест — в Вознесенске и Новой Одессе, госпиталь в Херсоне был расширен до 1500 мест, а октябре 1854 г. в Николаеве были открыты два новых отделения местного госпиталя на 1000 мест. Этого оказалось недостаточно. Особенно тяжелым было положение в самом Севастополе. Уже в конце 1854 г. Пирогов потребовал приступить к очищению госпиталей на Южной стороне города, где они находились в сфере досягаемости огня союзников и расширению госпиталей на Северной стороне. Весной 1855 г. раненых начали размещать на Николаевской батарее, а затем и на трех линейных кораблях — «Императрица Мария», «Чесма» и «Ягудиил». Последняя мера оказалась чрезвычайно удачной.
Не хватало врачей: в Севастополе на каждого врача приходилось по 100 раненых. Быстро увеличить число медиков было невозможно: в Симферополе, например, в начале войны было только 4 доктора. Кроме того, не хватало лекарств, перевязочных средств, квалифицированной обслуги, даже свежей соломы для подстилки на нарах. В начале ноября 1854 г. в госпиталях и лазаретах Крымской армии находилось 27 244 чел., из которых 10 553 — раненых. Легкораненые обычно оставались в строю, большое количество раненых и больных (до шести тысяч человек) было размещено в развернутых на Южной стороне госпиталях, остальных вывозили вглубь полуострова и далее.