Залив был слишком мал, чтобы выстроить в один ряд вдоль берега все корабли. В конце концов рядов оказалось целых восемь. Внутренний ряд галер стоял у самого берега, а другие на разных расстояниях от него. Каждый корабль удерживался на своем месте якорями. Ночь прошла благополучно, но перед утренней зарей появились первые признаки шторма. Небо заволокло грозовыми тучами, море вздыбилось высокими волнами. Поднялся сильный ветер, он дул с востока и пытался выбросить корабли на берег. Моряки встревожились, несколько командиров попытались спасти свои корабли. Если галеры были маленькими, их вытаскивали на песок подальше от грозного прибоя. Другие укрепляли якорные цепи или сбрасывали добавочные якоря. Кто-то, наоборот, поднимал якоря и пытался на веслах отвести галеры в более безопасное место. Из-за лихорадочных попыток спасти корабли в заливе воцарилась полная неразбериха.
Тем временем буря разыгрывалась все яростнее. Из-за разбушевавшегося моря весла стали бесполезными. Шквалистый ветер завывал в парусах, рвал такелаж. Море одну за другой срывало галеры с якорей, одни выбрасывало на пляж и раскалывало в щепки, другие разбивало о скалистые мысы. Некоторые корабли заполнялись водой и тонули на своих якорных стоянках вместе с экипажами. Погибло множество людей; те, кому удалось выбраться на берег, дрожали от страха, ежеминутно ожидая нападения коренных жителей. Надеясь избежать этой опасности, персы вытащили на берег обломки погибших кораблей и построили из них укрепления. Здесь они вознамерились защищать свои жизни оружием, которое время от времени выбрасывало им море.
Шторм бушевал три дня. Погибли около трехсот галер, не считая огромного количества транспортных и более мелких судов. Обитателям побережья досталась богатая добыча, включая золотую и серебряную посуду, которую еще долго выбрасывали волны. Говорили, что и персы сумели вернуть себе много сокровищ, использовав одного греческого ныряльщика, которого держали в своем флоте. Этот ныряльщик по имени Скиллий был широко известен своей способностью подолгу оставаться под водой. Впоследствии сложили легенду о том, как Скиллий сумел сбежать к грекам, прыгнув в море с палубы персидской галеры и всплыв через десять миль посреди греческого флота!
Через три дня буря утихла. Персы привели в порядок галеры, которые еще можно было починить; собрали остатки флота, забрали защитников построенной наспех крепости и вновь поплыли на юг.
К тому времени греческий флот собрался в узком морском заливе к северу от Эвбеи – в проливе между Эвбеей и материком. Это был объединенный флот, собранный из кораблей государств, согласившихся войти в союз. Как обычно бывало с союзными войсками, особым согласием греки похвастаться не могли. Афиняне, снарядившие гораздо больше кораблей, чем другие, считали, что имеют право командовать, но остальные союзники были объяты завистью: афиняне внесли огромный вклад, потому что превосходили всех богатством и военной мощью. Все соглашались подчиниться одному из спартанцев, но никто не желал поступить под командование афинянина. Союзники заявляли, что, если командующим изберут афинянина, они уведут свои корабли по домам.
Афиняне, хотя и негодовали из-за несправедливого отношения, были вынуждены покориться обстоятельствам. Они не могли позволить себе поймать союзников на слове и разрушить флот, ибо защита Афин была той важной целью, из-за которой он был собран. Другие государства могли заключить мир с завоевателем и покориться ему, но у афинян такой возможности не было. От всей Греции Ксерксу нужно было признание своей власти, но Афинам он жаждал отомстить. Афиняне в свое время сожгли персидский город Сарды, и царь не мог успокоиться, пока в отместку не предаст огню Афины.
Все прекрасно понимали, что собранный флот должен сразиться с персами для защиты афинян. Поэтому афиняне отказались от своих претензий на командование, втайне решив, что, когда война закончится, они сумеют отомстить нынешним союзникам за оскорбление.
Командующим флотом назначили спартанца: его звали Эврибиад.
Так обстояли дела, когда оба флота оказались на расстоянии прямой видимости в проливе между северным краем Эвбеи и материком. Пятнадцать персидских галер, беспечно вырвавшихся вперед, неожиданно наткнулись на греческий флот и были захвачены греками. Экипажи взяли в плен и отправили в Грецию. Остальные персидские корабли вошли в залив и бросили якоря в его восточной части под защитой мыса Магнесий, теперь оказавшегося к северу от них.
Потрясенные огромной величиной персидского флота, греки поначалу решили, что сражаться бессмысленно. Собрали совет и после долгих бурных дебатов решили, что лучше всего отступить к югу. Жителей Эвбеи, уже охваченных ужасом, решение союзников, обрекавшее их на гибель, погрузило в полное отчаяние.