руководитель Следственного комитета – 1-й заместитель Генерального прокурора РФ: Александр Иванович Бастрыкин (с 22.6.2007)
заместители руководителя: Александр Сергеевич Сорочкин (с 1.12.2007), Юрий Михайлович Нырков (с 11.10.2007), Василий Иванович Пискарев (с 10.6.2008), Елена Евгеньевна Леоненко (с 1.12.2009)
Главное следственное управление: Сергей И. Маркелов (с 21.3.2008, и.о.)
– Управление по расследованию особо важных дел о преступлениях против личности и общественной безопасности
– Управление по расследованию особо важных дел о преступлениях против государственной власти и в сфере экономики
– Управление методико-аналитического обеспечения
Главное управление процессуального контроля: В.В. Игнашин
– Управление процессуального контроля за следственными органами
– Управление процессуального контроля в сфере противодействия коррупции
Главное организационно-инспекторское управление: А.П. Коротков
– Организационно-контрольное управление
– Информационно-методическое управление
– Управление оперативно-технологического обеспечения
– Управление служебных проверок и обеспечения собственной безопасности
Главное управление криминалистики: Ю.И. Леканов
– Методико-криминалистическое управление
– Технико-криминалистическое управление
Главное управление обеспечения деятельности Следственного комитета при прокуратуре РФ
– Финансово-экономическое управление
– Управление материально-технического обеспечения
– Управление делами
Главное следственное управление по Южному федеральному округу: Борис Иванович Салмаксов (с сент. 2007)
– Управление по расследованию особо важных дел
– Контрольно-криминалистическое управление
Следственное управление по Центральному федеральному округу
Следственный отдел по Северо-Западному федеральному округу
Следственный отдел по Приволжскому федеральному округу
Следственный отдел по Уральскому федеральному округу
Следственный отдел по Сибирскому федеральному округу
Следственный отдел по Дальневосточному федеральному округу
Военное следственное управление: Александр Сергеевич Сорочкин (с 1.12.2007)
Управление кадров
Управление взаимодействия со средствами массовой информации
Правовое управление
Управление международно-правового сотрудничества
Управление по рассмотрению обращений граждан и документационному обеспечению
Управление физической защиты