Контрразведывательным обеспечением армии и флота занималась советская военная контрразведка, которая была создана 19 декабря 1918 г. решением Бюро ЦК РКП (б) с участием В. И. Ленина. Основой задачей Особого отдела стало ограждение Красной Армии от происков контрреволюции. «Дело Красной Армии, - писал Ф. Э. Дзержинский, - защищать социалистическое Отечество. Наше дело - защищать армию от всего того, что может ослабить или замедлить ее удар, что может причинить ей вред и вызвать лишние жертвы»107
.В целях укрепления Красной Армии по линии Особого отдела ВЧК в течение апреля-мая 1919 г. был принят ряд мер.
В соответствии с решением Совета Обороны от 7 апреля Особый отдел объявил 18 апреля учет всех бывших военных специалистов по следующим категориям: 1 .Бывшие офицеры Генштаба, военные инженеры, артиллеристы, кавалеристы, саперы. Минеры, понтонеры, офицеры телеграфных и железнодорожных войск, автомобильных, броневых и радио частей.
2.Бывшие военные чиновники, служившие раньше в штабах, управлениях и учреждениях Военного ведомства.
3.Медицинские работники: врачи лекарские помощники, форма-цевты108
.С 24 по 31 мая Особый отдел провел переосвидетельствование медицинских работников, состоявших на службе в учреждениях и лечебных заведениях: Красного креста, Центропленбежа, железных дорог и др.109
.И после окончания Гражданской войны Дзержинский указывал, что особые отделы в новых исторических условиях являются «одним из самых значащих помощников как для нашего правительства, так и для нашего военного командования в деле укрепления нашей Красной Армии»110
. Совместная, дружная работа командования, революционных трибуналов и особых отделов должна была «предохранить армию от разложения и тлетворного влияния антисоветских элементов»111, а также содействовать развитию оборонной промышленности, всего народного хозяйства страны. Работая в ВСНХ, Дзержинский в обращении к сотрудникам особых отделов писал: «Надеюсь, что именно особые отделы будут той правой моей рукой, которые в этой области могут принести мне большую помощь».С первых дней своего существования особые отделы работали по директивам и под контролем большевистской партии, ЦК которой строго следил за выполнением ими важнейших партийных постановлений и решений СНК и СТО по борьбе с контрреволюцией, шпионажем, бандитизмом и сохранностью государственной и военной тайн.
В годы Гражданской войны под руководством Ф. Э. Дзержинского сотрудники особых отделов ликвидировали многочисленные контрреволюционные организации, помогли в подборе командного состава, вели борьбу с враждебными элементами и спецслужбами противника. Эта работа была продолжена и после Гражданской войны.
31 марта 1921 г. Дзержинским был подписан приказ № 89 о перестройке работы особых отделов при переходе войсковых частей Красной Армии на казарменное положение или долгосрочную стоянку. Каждое особое отделение оставляет на месте расположения штаба дивизии минимально количество сотрудников, достаточное для его обслуживания, всех остальных - распределяет для работы в войсковых частях, создав при штабах бригад особые пункты, начальники которых обязаны руководить осведомительной и агентурной работой в учреждениях и войсках бригады. При расположении частей в разных, отдаленных друг от друга пунктах, бригадный особый пункт назначает туда секретных уполномоченных по информации. Местные ЧК и бригадные особые пункты работают в тесном контакте и взаимно информируют друг друга. Для агентурных разработок, если силы пункта недостаточны, его начальник обращается за содействием в ЧК или политбюро. Информационные и агентурные сведения в порядке текущей работы в виде сводок представляются из полков в бригадные особые пункты и из бригад в дивизионные особые отделения, которое после разработке данных сводок в виде меморандумов направляет в армейский особый отдел или в губЧК112
.При руководстве работой особых отделов Ф. Э. Дзержинский опирался на богатейший опыт, накопленный им на должностях председателя ВЧК, наркома внутренних дел и начальника тыла Юго-Западного фронта. Находясь на этих постах, он координировал действия всех органов советской власти, отвечавших за борьбу с контрреволюцией и за поддержание общественного порядка. Успешному решению этих задач способствовало и хорошее знание политического положения в стране, особенно в таких районах, как Центральная Россия, Украина, Сибирь. И не случайно пленум ЦК РКП (б) 7 марта 1921 г. признал необходимым «участие тов. Дзержинского во всех совещаниях, касающихся Украины».