Как председателю ВЧК-ОГПУ, Дзержинскому давались поручения, связанные с контрразведывательным обеспечением армии и флота. Так, 11 июля 1919 г. СТО заслушал сообщение В.И. Ленина по «Проекту постановления о мерах борьбы с контрреволюционными элементами в армии» и постановил: «Поручить т. Склянскому, Смилге и Дзержинскому ознакомиться с проектом постановления о мерах борьбы с контрреволюционными элементами в армии и дать свое заключение не позже среды, 16/УН с. г. В случае единогласного одобрения его поручить т. Ленину подписать от имени Совета Обороны113
.После Кронштадтских событий велась активная переписка руководства страны по поводу моряков, участвовавших в мятеже. Дзержинский рекомендовал более внимательно рассматривать вопросы расселения рядовых участников и предложил для всестороннего рассмотрения этой проблемы созвать военно-морское совещание, высказав 9 марта 1921 г. В.Р. Менжинскому сомнение в целесообразности направления моряков из Петрограда в Одессу и Мариуполь, так как эти районы находились в зоне действия банд Махно114
.15 марта 1921 г. он просил Склянского прислать «справку сколько и куда и когда послано из Питера матросов и какие директивы были даны командованию на Украине...»115.Через три дня в записке по прямому проводу из Харькова В.А. Балицкий просит Дзержинского сделать через РВСР распоряжение командующему войск Украины о том, чтобы эшелоны с матросами направлялись в Мариуполь, а не в Крым, «так как в Крыму сосредоточивать такое количество матросов во всех отношениях нежелательно»116
.19 апреля 1921 г. В.И. Ленин тоже высказал большое опасение по поводу расположения кронштадтских матросов в Крыму и на Кавказе, полагая, что надо бы их сосредоточить где-нибудь на севере117
.Например, готовясь к совещанию, на котором должен был обсуждаться вопрос о состоянии боеготовности армии и флота, Дзержинский 11 июля 1921 г. ставит перед А.Х. Артузовым задачу в самом срочном порядке «Дать исчерпывающую оценку: 1) боеспособность нашего флота- количество и качество боевых единиц, их вооружение и оборудование, их боевая польза, личный состав...2) средства и сила, поглощаемые этим флотом -топливо, продовольствие, обмундирование, помещения, 3) возможно ли возрождение флота при наших условиях, 4) взаимоотношения с НКПС...»118
.15 октября 1922 г. в письме к Дзержинскому и членам Политбюро ЦК РКП (б) Л.Д. Троцкий отметил явную ненормальность и неправильность в работе ГПУ и комиссии В.А. Антонова-Овсеенко в деле кронштадтских моряков. Они состояли в том, что предварительное расследование, сбор сведений, «наблюдение, донесение вверх и проч. происходит совершенно без участия наиболее авторитетных партийных работников» Морского ведомства: от члена РВС Балтийского флота Наумова и от Зофа. «Как раз в вопросе о Балтфлоте, - отметил Троцкий, - были уже со стороны ГПУ в прошлом крупнейшие ошибки, по поводу которых Политбюро выносило определенные постановления. Но и сейчас получается такое впечатление, как если бы работники ГПУ считали делом чести для себя преподнести «сюрприз», а не разработать вопрос совместно с теми работниками, которые ближе всего стоят к делу»119
.Конфликт был исчерпан обменом записками Троцкого и Дзержинского.
6 ноября 1922 г. Ленин потребовал от Дзержинского принятия самых решительных мер по пресечению нелегальной эмиграции в Советскую Россию. В соответствии с этим, 16 ноября 1922 г. было совещание представителей СТО, НКВД и ГПУ, которое наметило практические меры по усилению борьбы с тайным переходом границы.
В связи с данными о наличии в армии Западного фронта контрреволюционных сил, 1 января 1924 г. Ф.Э.Дзержинский предложил В.Р. Менжинскому обратить на этот фронт «сугубое внимание», предложив: « I) составить срочно сводку всех имеющихся у нас данных о положении на Зап. фронте, использовав и весь материал, имеющийся в ЦКК-РКИ (Гусев -Шверник), 2) наметить план наблюдения и выявления, а также мер по усилению нашего наблюдения и по предупреждению всяких возможностей». При этом меры должны быть приняты особыми отделами, КРО, погранохраной, губотделами и по партийной линии - ЦК и губкомами120
.«Обратить внимание» в данном случае означало усилить агентурную работу. Еще в марте 1922 г. для повышения боеспособности армии и предупреждения нежелательных последствий ГПУ приняло инструкцию по осведомительной работе в частях РККА. Вся осведомительная работа была разделена на три части: осведомление коммунистическое (членов партии), осведомление беспартийное и осведомление особоквалифицированное(агентурно е). Осведомители должны были давать полную картину состояния воинских подразделений и частей, так как они «видели жизнь части». «При его помощи, - писал А.Х. Артузов, - мы будем иметь внешнюю картину всего, что делается в части».