Он помнил, как год назад проверяла работу казахского филиала объединенная комиссия Президиума АН СССР и ЦК Компартии Казахстана. Оценка была дана неудовлетворительная: не выполняется план по основным научно-исследовательским темам, слаба связь с промышленными и сельскохозяйственными объектами; не созданы надлежащие условия для воспитания местных национальных кадров — из 22 аспирантов только два казаха... Словом, филиал не сделался подлинным центром научной мысли республики... И сектор геологии работал куда хуже, чем следовало ожидать. План исследований был выполнен лишь на пятьдесят процентов. Дело дошло даже до обмана руководства филиала: например, исследовательская тема «Использование сланцев как топлива» была показана начатой; на самом деле к ней даже не приступили, а закупленное оборудование, брошенное под открытым небом, за это время пришло в негодность...
Итоги работы комиссии рассматривало специальное заседание Совнаркома республики.
«Впервые я увидел К.И.Сатпаева на заседании СНК Казахской ССР в 1940 г., когда слушался отчетный доклад руководителей Казфилиала АН СССР, в котором я сам начал работу летом 1937 г., — писал позднее казахстанский академик Н.В.Павлов. — После неожиданной смерти в 1939 г. председателя Президиума КазФАНа, известного геолога академика А.Д.Архангельского, руководство филиала, дела которого шли из рук вон плохо, все еще не могло стабилизироваться. Из Москвы от Академии наук СССР наезжали бесконечные комиссии, обследовавшие состояние филиала, и без малейшего труда констатировали его печальное положение.
Рядовые сотрудники разбегались, как с тонущего корабля... И вот после пространного доклада ученого секретаря филиала, изо всех сил старавшегося представить дела в самом радужном свете, выступил и Сатпаев содокладчиком. Он говорил жестоко, но справедливо, критикуя беспорядки, воцарившиеся в филиале. Будто свежий ветер повеял в нашу затхлую, пропитанную интригами атмосферу, и все присутствовавшие на заседании сотрудники КазФАНа повеселели и ободрились. Сатпаев говорил, что филиал нужен, что он должен быть центром науки в Казахстане, но занять это положение он может только при деловом и разумном руководстве, значительном усилении кадров и четкой оперативной работе, которой пока что-то не видно».
Тогда же Совнарком республики, приняв рекомендации объединенной комиссии, сменил руководство филиала. Заместителем председателя Президиума был назначен кандидат исторических наук Г.О.Бузурбаев, в то время работавший помощником секретаря ЦК КП Казахстана. Каныш Имантаевич был введен в члены научного совета филиала. И вскоре уехал к себе в Джезказган.
Не прошло и года, как он назначен сюда на работу... Новое руководство филиала и его ученый совет, разумеется, не сидели сложа руки. Но в столь тонком деле, как организация науки, много ли можно успеть за такое короткое время? Теперь же необходимо добиться повышения эффективности исследований в кратчайший срок. Этого требуют нужды войны.
Необходимо отрешиться от представлений мирного времени, отказаться от занятий чистой наукой. «Например, — говорил он, — сектор ботаники на время может приостановить свои фундаментальные исследования, временно заняться поисками лекарственных трав. Или найти виды растений, нужные для обороны. Агротехники занялись бы составлением почвенных карт республики. Ведь республике в будущем году предстоит в несколько раз увеличить посевы зерновых. А зоологи должны включиться в это дело в ближайшие дни — дать правительству республики необходимые рекомендации по резкому увеличению фондов мяса и пушнины. Ведь казахские степи богаты этими дарами природы».