Только что основанному учреждению пришлось с ходу перестраиваться на военный лад, организовывать всю свою исследовательскую работу с учетом нужд обороны страны. По мысли его директора, в идеале каждая научная работа должна обернуться залпом по врагу, любое открытие, всякая разведка месторождения немедленно должны приносить практическую пользу. На землях, временно занятых врагом, осталось много производственных мощностей, сырьевых баз. Для восполнения этих потерь требуется мобилизация всех ресурсов восточных районов — Урала, Сибири, Средней Азии и Казахстана. Необходимо в кратчайшие сроки открыть и разведать новые месторождения руд. Бросить на это все силы...
И вскоре четко организованная работа начала давать свои плоды. Вот архивная справка за один лишь 1941 год, притом за его последние шесть месяцев: по теме «Алтайские полиметаллические месторождения» проверено более девяноста рудопроявлений; а по темам «Пути увеличения выплавки меди в Казахстане» и «Возможности выплавки меди по системе местной промышленности» проверялось более семисот заявок на медь; кроме того, именно в этот период поданы конкретные предложения по изысканию совершенно новых крупных месторождений железа и марганца, о транспортировке богатой джезказганской руды на Балхаш и разработке для этого новых богатых залежей.
А всего за годы войны институт организовал своими силами более 160 научных экспедиций. Большинство из них занимались поисками новых месторождений по заказам военной промышленности. Некоторые способствовали расширению действующих рудников. Было сделано несколько крупных открытий.
Ориентировка теоретических работ на практические нужды вызывала необходимость расширить штат института. Открылись новые секторы, лаборатории. Всем нужны кабинеты, квартиры.
Часть кадров Сатпаев приглашает из центральных городов, в исследованиях приняли участие также крупные ученые, эвакуированные в Казахстан. В числе их на постоянную работу приехал в Алма-Ату старый знакомый Каныша Имантаевича, известный знаток Центрального Казахстана М.П.Русаков. Набирались сотрудники из среды учащейся молодежи.
«Впервые мне посчастливилось встретиться с Канышем Имантаевичем осенью 1942 года, — пишет доктор геолого-минералогических наук П.Т.Тажибаева, — я была тогда аспиранткой горного факультета Среднеазиатского индустриального института. Приехала в Алма-Ату и оказалась в скромном кабинете директора Института геологических наук. Передо мной сидел обаятельный человек высокого роста, с благородным и приветливым лицом, глядевший очень дружелюбно... Я изъявила желание перевестись в аспирантуру при казахском филиале АН СССР. Мою просьбу Каныш Имантаевич воспринял благожелательно...»
В результате всех этих усилий, несмотря на трудности военного времени, Институт геологических наук быстро становится в ряд солидных научных учреждений академии. Это зафиксировано в постановлении бюро геолого-географического отделения Академии наук СССР от 5 октября 1943 года: «Особо отметить большую действенную работу казахстанского Института геологических наук в период Великой Отечественной войны в скорейшем открытии и разработке множества сырьевых ресурсов стратегических металлов для нужд обороны; за сравнительно короткое время по объему научно-исследовательских работ и в комплектовании научными кадрами этот институт является одним из лучших и образцовым научным учреждением в системе филиалов АН СССР...»
III
После переезда в Алма-Ату Канышем Имантаевичем были созданы десятки научных работ. В основном это статьи, написанные для признания того или иного месторождения или результатов исследовательских работ. Сатпаев всегда считал своей главной задачей обратить внимание производственников на какой-то вопрос. Он не учился в аспирантуре и докторантуре, зато ему довелось пройти практическую «аспирантуру» трудовой жизни. И вот он руководитель крупного научно-исследовательского института. Мало того: глава казахского филиала Академии наук СССР. Под его руководством работают десятки ученых, среди них несколько докторов наук. И Канышу Имантаевичу по долгу службы приходилось не только советоваться с ними, а иной раз и указывать им, направлять их деятельность. Поневоле пришлось задуматься о научной степени...