Самое расположение станиц находилось, конечно, в тесной связи с военными соображениями. Руководившие колонизацией смотрели на закубанскую станицу прежде всего как на стратегический пункт, как на опорную точку при вытеснении горцев из самых крайних и неприступных уголков их местожительства. Поэтому одни из станиц, как Хамкетинская, Белореченская, Новодмитриевская, Абинская и пр., возникли на местах бывших уже здесь укреплений; при расположении других стратегическим соображениям часто отдавалось преимущество пред выгодами и расчетами экономическими. Точно так же и самый состав переселенцев, как нельзя более, соответствовал все тем же военным целям. Казаки и вообще служило-военные элементы составили подавляющее большинство. Так из общей массы переселенцев 58,9 % приходилось на долю Кубанских казаков, 25,3 % на долю казаков из других войск и отставных солдат и только 15,8 % на долю государственных крестьян и других сословий. Одним словом, и на тех условиях, среди которых производилась колонизация Закубанского края, и на расположении станиц, и на самом составе переселенцев одинаково лежало влияние военных требований. Экономические промахи и недосмотры при такой колонизации неизбежны. И действительно, как видно из исследований Е. Д. Фелицына, очень многие станицы, напр., Псеменская, Мингрельская, Навагинская, Тубинская, Хребтовая, Сохрайская и др. впоследствии были совсем снесены и расселены, другие и теперь еще испытывают серьезные экономические стеснения, явившиеся следствием военной колонизации.
Занятием западных предгорий Кавказа и оканчивается собственно колонизация Кубанской области в смысле расширения границ казачьей территории. Большинство сложивших оружие горцев эмигрировало в Турцию, принявшие русское подданство были переселены с предгорий на плоскости, ближе к Кубани. Казаки таким образом прочно укрепились на всех пунктах когда-то враждебного им края, и казачьи станицы обширнейшей сетью охватили всю Кубанскую область. Дальнейшее затем заселение края было исключительно делом расселения, результатом внутренней переработки и распределения наличных колонизационных элементов. Правда, приток переселенцев в Кубанскую область по-прежнему продолжался извне, в некоторые годы он принял даже необычайные размеры, но он не носил уже прежнего характера. Казачество как войско закрыло доступ в свою среду переселенцам. Оно само раздробилось на массу отдельных станичных общин, и станичная община уже самостоятельно начала абсорбировать пришлые и чуждые ей элементы, разумеется, в тех случаях, когда она находила это нужным.
На первых порах этой внутренней колонизации следы общих административных мероприятий дают еще себя чувствовать казаку, некоторые станицы еще возникают по предначертанию и указаниям войскового начальства. Так, в 1865 и 1866 годах были основаны Славянская, Георгие-Афипская, Мингрельская, Троицкая, Анастасиевская и Курчанская станицы; в 1871 году Копанская и Ясенская. Места для этих станиц были избраны и назначены администрацией, а население взято из существовавших уже казачьих поселений, в которых оно особенно сильно возросло. С течением времени даже эта черта принудительного расселения теряется в казачьих общинах. Возникновение новых поселений и признание самостоятельности за возникшими уже в форме хуторов становятся делом инициативы и усмотрения станичных общин. Администрация только дает в таких случаях свою санкцию. Таким образом возникло несколько поселков на дополнительных станичных участках и на местах, занятых группами хуторов, как Албашский, Ахтарский, Широчанский, Черноерковский, Кармалинский и многие другие. Но в это же время в Кубанскую область начинается особенно сильный приток другого рода переселенцев, так называемых иногородних или, по выражению черноморцев, «городовиков», т. е. крестьян арендаторов и ремесленников, выселившихся в Кубанскую область из внутренних губерний России.