В течение трех лет Медведев воспринимался собственной элитой и населением России как дублер Путина. К нему прислушивались, потому что Путин указал на него пальцем. На месте Медведева любой другой политик мог бы почувствовать, что решающим является исключительно авторитет Путина. При Путине любой президент казался заменяемым. Однако Медведев медленно, но верно пробивал дорогу наверх. Он ругал министров и депутатов, взявших за привычку во время обращения президента шептаться и не слушать его. Через два года Медведев на одном из заседаний правительства пожаловался, что его указания на 80 % игнорируются. Медведев понимал, где находилось основное препятствие — на верхних этажах государственных концернов, где успешно засели путинские офицеры спецслужб. Медведев потребовал преобразования государственных монополий в акционерные общества, даже установил сроки. Но из этого ничего не вышло. Бюрократия высокомерно проигнорировала приказы главы государства, потому что Путин придерживался другого мнения. Оружием Путина стали государственные телевизионные каналы. Над ними он имел гораздо большую власть, чем новый глава Кремля. Чтобы донести свои послания до общественности, Медведеву пришлось прибегнуть к Интернету. Так он начал общение со своими избирателями посредством блогов.
Уместятся ли два царя на одном троне?
В 2009 году Медведев опубликовал в Интернете революционную статью с названием «Россия, вперед!». В ней он критически разбирал истощенную экономическую систему и дефицит демократии на своей родине. Путин не интересуется Интернетом. По его мнению, большинство публикаций в Интернете являются «чистой порнографией».
Не имея возможности направлять оперативную работу правительства в желаемом русле, Медведев сконцентрировался на улучшении функционирования правового государства. Он объявил войну правовому нигилизму и коррупции. На этом опасном поле столкновение с Путиным было неизбежно. Когда Путин открыто высказался по поводу жесткого наказания для Ходорковского, Медведев обрушил на него острую критику: ни один государственный чиновник не имеет права вмешиваться в ведущийся процесс. Медведев резко выступил против практикуемой «телефонной юстиции». Второй судебный процесс против Ходорковского продемонстрировал, как произвольно интерпретируют закон независимые суды после телефонного разговора со своим начальством.
Медведев хотел освободить Ходорковского как можно скорее, потому что видел, что скандальный процесс по делу «Юкоса», ведомый «управляемым» судом, нанёс вред имиджу его страны. Ходорковского в суде активно защищали даже некоторые ориентированные на реформы министры, но судья наказал подсудимого так жестко, как того потребовала прокуратура. По-видимому, политики, засудившие Ходорковского, хотели сначала услышать четкое признание вины от приговоренного и только после этого объявить о его амнистии. Они хотели уничтожить Ходорковского политически, чтобы позже он не мог бросить им вызов в качестве главы оппозиции. Несоразмерно жестокое обхождение с Ходорковским в то же время содержало предупреждение другим олигархам держаться подальше от политики.
Медведев не мог всерьез ставить под сомнение существующую путинскую систему, в создание которой он внес немаловажный вклад в качестве руководителя администрации Президента России. Но на бесчисленные законы, вновь выдвигаемые приверженцами жёсткого курса из Думы для создания авторитарной системы заново, он накладывал свое вето. Законы для усиления секретных служб и усиленного контроля над неправительственными организациями он поручил законодательным органам переработать. Он также заново переписал закон об ограничении свободы митингов и собраний. Медведев на свой лад симпатизировал либеральным оппозиционным партиям. В то время, когда Путин клеймил либералов, называя их паразитами и ворами, оспаривал их право на протест, Медведев добился того, чтобы они, даже не имея мест в Парламенте, получили право ежегодно выступать перед собранием депутатов. Медведев публично критиковал созданную Путиным систему управляемой демократии. Путинскому заигрыванию с китайской моделью он дал от ворот поворот. Если партия «Единая Россия» для своей правовой политики взяла за образец наводившего страх царя Александра III, то Медведев по случаю 150-летнего юбилея отмены крепостного права похвалил сторонника свободы «царя-освободителя» Александра II.