Царь вскоре невзлюбил настойчивого митрополита и не допускал его к себе. Митрополит мог видеть царя только в церкви. Царские любимцы возненавидели Филиппа еще пуще царя. 31 марта 1568 года, в воскресенье, Иван приехал к обедне в Успенский собор с толпою опричников. Все были в черных ризах и высоких монашеских шапках. По окончании обедни царь подошел к Филиппу и просил благословения. Филипп молчал и не обращал внимания на присутствие царя. Царь обращался к нему в другой, в третий раз. Филипп все молчал. Наконец царские бояре сказали: «Святый владыка! Царь Иван Васильевич требует благословения от тебя». Тогда Филипп, взглянув на царя, сказал: «Кому ты думаешь угодить, изменивши таким образом благолепие лица своего? Побойся Бога, постыдись своей багряницы. С тех пор как солнце на небесах сияет, не было слышно, чтобы благочестивые цари возмущали так свою державу. Мы здесь приносим бескровную жертву, а ты проливаешь христианскую кровь твоих верных подданных. Доколе в русской земле будет господствовать беззаконие? У всех народов, и у татар, и у язычников, есть закон и правда, только на Руси их нет. Во всем свете есть защита от злых и милосердие, только на Руси не милуют невинных и праведных людей. Опомнись: хотя Бог и возвысил тебя в этом мире, но и ты смертный человек. Взыщется от рук твоих невинная кровь. Если будут молчать живые души, то каменья возопиют под твоими ногами и принесут тебе суд».
«Филипп, – сказал царь, – ты испытываешь наше благодушие. Ты хочешь противиться нашей державе; я слишком долго был кроток к тебе, щадил вас, мятежников, теперь я заставлю вас раскаиваться». «Не могу, – возразил ему Филипп, – повиноваться твоему повелению паче Божьего повеления. Я пришлец на земле и пресельник, как и все отцы мои. Буду стоять за истину, хотя бы пришлось принять и лютую смерть».