Высшие коллегии Общества, которые, собственно, и называют иезуитскими университетами, были нацелены на подготовку духовенства. Естественно, что в этих университетах отсутствовали элементы классической схемы средневекового университета – медицинский и юридический факультеты, «непрофильные» для иезуитов, а профессорско-преподавательский корпус составляли в основном философы и богословы. Вместе с тем, четырехлетнее теологическое образование, которому предшествовал курс свободных искусств, не было узкоспециальным и однобоким. Оно предполагало изучение канонического права, древнегреческого и древнееврейского, а также знакомство с халдейским, сирийским, арабским и индийским языками. Специально отобранные для научно-педагогической деятельности схоластики изучали богословие два дополнительных года, чтобы затем получить лицензию на право преподавания и даже степень доктора теологии (хотя эта степень присуждалось весьма редко).
Организация преподавания позволяла иезуитам привить учащимся строгую дисциплину схоластического мышления и состязательный, творческий стиль спора, отстаивания позиций и мнений. Речь шла не о создании некоего нового идеала образования, но о последовательной и прагматической реализации уже существовавшего идеала. Выпускник иезуитской коллегии, не порывавший с традицией, был востребован обществом, он ощущал себя человеком нового времени, открытым социальным вызовам эпохи. И свидетельством такой востребованности может служить не только практическая, но и теоретическая деятельность членов Общества Иисуса.