Коллекциям было так тесно, что многие из них стояли годами нераспакованными. Ящики и тюки загромождали подступ к шкафам и витринам. Тесно было и в библиотеке. Несколько комнат, выделенных музею в бывшем дворце царицы Прасковьи Федоровны, где располагались Академия и ее службы, не могли удовлетворить потребности в новых залах и хранилищах. В Петербург приходят посылки от дипломатических и торговых миссий из разных стран мира. Диковинные вещи, произведенные руками человека всех обитаемых континентов, флора и фауна со всех концов света, минералогические и геологические коллекции из многих районов земли отныне были представлены в академическом музее. Это разностороннее богатство переполнило его, и он превратился в своеобразный склад, утратив свои просветительские функции.
Этому способствовало и то существенное обстоятельство, что неудержимое развитие русской науки происходило в крепостнической стране. Достижения ученых, находки путешественников или неутомимых искателей истинных знаний не становились всенародным достоянием. Просветительская роль Кунсткамеры все чаще предавалась забвению, и уже в 1802 году в „Санкт-Петербургских ведомостях“ в академическом объявлении о порядке работы Кунсткамеры можно было прочитать, что в дни, открытые для посещения, „ливрейные слуги и чернь совсем не будут впускаемы“.
Смерть Котельникова в 1797 году, уход Дашковой с поста президента-директора Академии усугубили трудности, переживаемые Кунсткамерой. Три года она фактически была без надсмотрителя, пока академическому начальству не пришла мысль пригласить на этот пост академика Николая Яковлевича Озерецковского. В трудные годы пришел к руководству Кунсткамерой Озерецковский. Многое из того, что он хотел, чего добивался более чем четверть века своего правления, ему сделать не удалось, по он все же сделал так много, что достигнутое должно остаться в памяти благодарных потомков.
Николай Яковлевич Озерецковский с рождения связан с Петербургом, но в семнадцать лет ему посчастливилось попасть в академическую экспедицию Лепехина, и с тех пор, дожив до пятидесяти лет, закончив службу адъюнкта Академии и будучи избранным ее действительным членом, он постоянно ощущал себя в пути. Здесь, среди гранитных парапетов и величавых дворцов, ему было тесно, там — в суровых гранитных скалах Карелии или на просторах величественных приволжских степей, под открытым небом, где природа открывается человеку сразу, ему было привольней. Недаром директор Академии княгиня Дашкова писала о нем в 1792 году: „Он для исследования натуральных вещей целые восемь лет путешествовал по России как сухим путем, так и морями, собирая все естественные произведения для Академии. И в последнем своем путешествии по озерам Ладожскому и Онежскому, которым описание издал он в свет, открыл гору, гранитами изобилующую, близ Ладожского озера, железную руду на острове Валааме и множество мрамора на реке Тельме, впадающей в Онежское озеро. Сверх того собрал знатное количество различных минералов и других натуральных тел, которыми приумножил собрание редкостей в Имперской Кунсткамере“. Так писала в Сенат княгиня Дашкова, объясняя избрание Озерецковского академиком и испрашивая ему приличествующую награду.
Николай Яковлевич никогда не забывал и добрые слова и благорасположение этой умной энергичной женщины, основавшей специальную Российскую Академию для разработки русского языка и ставшей президентом двух академий страны.
Год, как Николай Яковлевич стал надсмотрителем Кунсткамеры. Дел прибавилось уйма, забот еще больше. Некуда было девать ценнейшие коллекции, негде было разместить для обзора поступившие экспонаты.
Н. Я. Озерецковский.
Ничтожный штат Кунсткамеры, состоявший из библиотекаря, подбиблиотекаря, надзирателя музея, его помощника, писца, чучельщика и десяти сторожей, из которых семь должны находиться на соответствующих местах, наблюдать за чистотой и сохранностью коллекций, не мог обслужить многих желающих познакомиться с музеем. Год, как Николай Яковлевич стоит во главе Кунсткамеры, но даже его энергии недостаточно, чтобы добиться перемен к лучшему.
В 1801 году Александр 1 по случаю своего восшествия на престол устроил аудиенцию для академиков.
Эту аудиенцию Николай Яковлевич вспоминал каждый раз, когда водил по музею группы из военных, студентов только что открывшегося Петербургского университета, мелких чиновников. Каждый раз он был вынужден отодвигать ящики или тюки, наваленные у шкафов и витрин, пытаясь в подтверждение своего рассказа достать музейный экспонат — чучело или минерал.