Казалось, император был и милостив и благосклонен. Он не преминул пошутить на тот случай, что оба они — монарх и Озерецковский — почти в один год взяли бразды правления: один — над Россией, другой — почти над миром (имелась в виду обширность сокровищ Кунсткамеры). Аудиенция предвещала хороший исход, и, когда Александр I, приняв записку, поданную академиками, попросил рассказать о ее содержании и сути просьбы, Николай Яковлевич начал говорить горячо и пылко. Он говорил малоприятные слова, но не боялся за себя, свой пост, свое положение. Он говорил, что наука в России и ее главное научное учреждение — Академия зашли в совершенный тупик; что крупные ученые умерли, иные состарились, а молодых из даровитых соотечественников никто толком не учит, рассчитывая, видимо, как и прежде, на заграницу, но это негоже делать Российской империи. Не тем ли, в запальчивости говорил надсмотритель Кунсткамеры, объясняется, что академический музей пополняется дарами лиц, не имеющих отношения к Академии, а химическая лаборатория и анатомический театр прекратили работу, физический же кабинет и музей задыхаются от тесноты.
Окончив свою речь, Озерецковский низко поклонился и сделал шаг назад. Он, Севергин и другие академики, пришедшие как авторы записки, ждали решения императора. Александр I внимательно окинул взглядом надсмотрителя Кунсткамеры и, прикоснувшись к свитку, произнес:
— Здесь все изложено? Мы подумаем о нашей Академии.
Аудиенция окончилась. Записка осталась без внимания.
Озерецковский реально мог рассчитывать только на свои силы, на помощь друзей и коллег. И ему удалось сделать невозможное. Занимаясь делами Кунсткамеры, Николай Яковлевич продолжал совершать ближние и дальние поездки за новыми экспонатами. Ему было пятьдесят лет, когда он вступил на пост надсмотрителя, но его хватало на все: на собственные экспедиции, на занятия с любителями в стенах Кунсткамеры, на привлечение к ее работе новых академиков, на переустройство и перепланировку музейных залов.
По настоянию надсмотрителя унтер-библиотекарь Осип Беляев опубликовал в 1800 году новый расширенный путеводитель-каталог по Кунсткамере. Единственно, чего не смог добиться Николай Яковлевич, это отмены распоряжения Академии о запрете посещать музей „ливрейным слугам и черни“. Только однажды, 4 июля 1803 года, вопреки прежним уведомлениям Академии, Озерецковский сообщил через „Санкт-Петербургские ведомости“, что с 4 июля целую неделю Кунсткамера будет открыта и впуск в нее будет „беспрепятственно без билетов“.
Много успел сделать за четверть века Озерецковский, так и не дождавшийся монаршего внимания, не получавший постоянную поддержку просвещенной России. Это по его настоянию великие мореплаватели в своих кругосветных странствиях помнили о нуждах академического музея, это по его просьбе дипломатические и торговые миссии присылали дары от других пародов и стран. Благодаря его настойчивости Академия издала некоторые свои труды на русском языке, что способствовало широкому знакомству русской общественности с делами Академии и ее учреждений. В больших и трудных делах Кунсткамеры неизменным помощником, другом, советчиком был превосходный знаток камня и минералов академик Василий Севергин. Облегчая свою задачу, понимая, что трудно справиться с большим и разнообразным собранием музея одному, Озерцковский в 1804 году передает Севергину ключи от Минералогического кабинета.
Василий Севергин навел такой порядок в кабинете, так умело показывал достоинства его коллекции, как мог это сделать только ученый, специалист, влюбленный в свою науку. „Такими специалистами должна быть наполнена Кунсткамера, а ее коллекции распределены между ними сообразно их знаниям и интересам“ — эта мысль постоянно приходила на ум надсмотрителю в те дни, когда, опасаясь вторжения войск Наполеона в столицу, ценнейшие коллекции Кунсткамеры подготовили к Эвакуации в Петрозаводск. В тревожные дни Отечественной войны 1812 года Озерецковский понял, что прежняя Кунсткамера как комплексное собрание научных материалов изжила себя. Естественный процесс дифференциации наук требовал обособления внутри единого музея самостоятельных отделов и кабинетов. Однако эта неизбежная перестройка несколько задержалась из-за Отечественной войны.
11 ноября 1818 года академику X. Д. Френу поручили возглавить выделенное из Кунсткамеры собрание восточных моделей, рукописей и книг, под названием Восточного кабинета, который сразу же получил второе, ставшее более распространенным наименование — Азиатский музей. В 1824 году под надзор ботаника К. А. Три-ниуса передаются из Натур-камеры все ботанические коллекции и книги по ботанике, которые образуют Ботанический отдел. 10 ноября 1825 года учреждается Египетский кабинет, или Египетский музеум, под который специально расписываются египетским орнаментом комнаты в первом этаже восточного крыла Кунст-камеры. Смотрителем Египетского музея стал академик Ф. Б. Грефе. Разделение Кунсткамеры началось при жизни Озерецковского, на его глазах и по его настоянию.