Решительные действия безвестного артиллерийского поручика, осмелившегося бросить вызов всесильному военному министру, оказались эффективными. В биографии Деникина отмечено: «Запрос Канцелярии прошений Военному министру возымел действие. Академия оставила Деникина в покое, и дело перешло в Главный штаб. Для производства следствия над “преступлением” Деникина назначен был пользовавшийся в генеральном штабе большим уважением генерал Мальцев. В Главном штабе будущий генерал, а пока жалобщик встретил весьма внимательное отношение. Генерал Мальцев в своем докладе сказал, что выпуск из академии произведен незаконно, а в действиях Антона Ивановича нет состава преступления».
К составлению ответа Канцелярии прошений были привлечены юрисконсульты Главного штаба и Военного министерства, но Куропаткин порвал два проекта ответа, сказав раздраженно: «И в этой редакции сквозит между строк, будто я не прав».
Так шли неделя за неделей… Давно прошел обычный срок для выпуска из военных академий, исчерпаны были кредиты и прекращена выдача академистам добавочного жалованья и квартирных денег по Петербургу. Многие офицеры бедствовали. Начальники других академий настойчиво добивались у Сухотина, когда же разрешится инцидент, задерживающий представление императору выпускников четырех военных академий.
Наконец, ответ военного министерства в Канцелярию прошений был составлен и послан; испрошен был день высочайшего приема; состоялся высочайший приказ о производстве выпускных офицеров в следующие чины «за отличные успехи в науках». К большому своему удивлению, Деникин прочел в нем и о своем производстве в капитаны.
По установившемуся обычаю, за день до представления государю в одной из академических зал выпускные офицеры представлялись военному министру. Генерал Куропаткин обходил их, здороваясь, и с каждым имел краткий разговор. Подойдя к Антону Ивановичу, он вздохнул глубоко и прерывающимся голосом сказал: «А с вами, капитан, мне говорить трудно. Скажу оно: вы сделали такой шаг, который не одобряют все ваши товарищи».
К генеральному штабу Деникин причислен не был и отправился служить в Виленский военный округ. Жалоба в Канцелярию прошений, согласно повелению императора, оставлена без рассмотрения, а военный министр «запретил возбуждать какое бы то ни было ходатайство о капитане Деникине».
Осенью 1901 года Деникин найдет в себе смелость обратиться к военному министру с личным письмом, где подробно изложит события двухлетней давности и объяснит личные мотивы своих поступков. Куропаткин через Канцелярию военного ведомства переправит письмо в Академию генерального штаба для изучения вопроса вновь и подготовки заключения. Аргументированное, основанное на достоверных фактах заключение академической конференции окажется положительным, а содержание деникинского письма признано полностью соответствующим действительности.
Министр Куропаткин признать свою недавнюю ошибку в отношении артиллерийского капитана не постеснялся, настойчивости, откровенности и порядочности Деникина отдал должное и, не будучи злопамятным, на ближайшей аудиенции у императора, «выразив сожаление, что поступил несправедливо», ходатайствовал о причислении капитана Деникина к корпусу офицеров генерального штаба.
Следующая встреча генерала от инфантерии Куропаткина и подполковника генерального штаба Деникина произойдет совсем скоро, в 1904 году, в Маньчжурии, где Деникин в должности начальника штаба Забайкальской казачьей дивизии, беспрекословно выполняя приказы командующего армией, будет достойно, смело и решительно участвовать в боевых операциях против японских войск, делом доказывая в кровопролитных сражениях то, что, зачислив, хотя и с запозданием, в генеральный штаб, в нем действительно не ошиблись.
Инспектирование Туркестана
В хмурые, ненастные осенние месяцы 1901 года военный министр с группой генералов и офицеров предпринял длительную плановую инспекционную поездку в Туркестанский военный округ.
В Красноводске высокопоставленных ревизоров из Санкт-Петербурга парадно-торжественно, согласно установленному регламенту, встретил командующий округом и туркестанский генерал-губернатор, коим с января 1901 года являлся давний знакомый и сослуживец Куропаткина, георгиевский кавалер, генерал-лейтенант Николай Александрович Иванов, вся боевая и военно-административная служба которого прошла в Средней Азии.
И далее вся поездка военного министра по региону была проникнута подчеркнутым особым уважением и вниманием: в Ашхабаде свое почтение руководителю военного ведомства продемонстрировали специально прибывшие представители Персидского шаха, в Кермине высокую комиссию встречал Эмир Бухарский, в Чарджоу – наследник хивинского хана.