Генрих должен был с бою добывать свое королевство, потому что большинство не хотело иметь королем протестанта. Счастьем для Генриха было то, что это большинство не имело достойного вождя, некем было заменить Генриха Гиза, ибо брат его, герцог Майень, ставший вождем Лиги, был человек неспособный, тогда как Генрих IV был виднее всех по своим личным средствам. В марте 1590 года он встретился с войском Майеня при Иври, недалеко от Дре, и нанес ему страшное поражение. Но лигисты призвали на помощь Филиппа II испанского; знаменитый полководец последнего, Александр Пармский, выступил из Нидерландов во Францию и искусным движением заставил Генриха снять осаду Парижа.
Для окончания борьбы Генрих счел необходимым уступить большинству и принять католицизм — дело тяжкое для его самолюбия, ибо он являлся человеком, который для короны жертвует своими религиозными убеждениями. Генрих объявил, что готов принять наставление в католическом исповедании, и для того созвал в Реймсе знатнейшее духовенство. Ревностные католики, парижские лигисты не поддавались на эту сделку, видели в обращении Генриха только политическую меру, от которой не ждали никакого добра, будучи уверены, что Генрих останется в душе протестантом и не будет действовать против своих прежних единоверцев; но большинство, истомленное усобицею и жаждущее успокоения, с восторгом приветствовало обращение Генриха. К счастью для последнего, между лигистами возник раздор: Майен перессорился с племянником, молодым герцогом Гизом (сыном убитого Генриха); к этому присоединилась ненависть между французами и испанцами, потому что Филипп II стал прочить французский престол для своей дочери; наконец Александр Пармский умер, и Генрих таким образом освободился от единственного неприятельского полководца, с которым ему трудно было сладить.
В июле 1593 года Генрих торжественно принял католицизм, а в марте 1594 года сдался ему Париж, причем король оказал необыкновенное великодушие, не тронул самых заклятых врагов своих. Умысел молодого фанатика Шателя убить короля не удался; так как Шатель вынес свои убеждения о законности цареубийства из иезуитской коллегии и от духовника-иезуита, то почтенные отцы были изгнаны из Франции.
С принятием католицизма Генрихом IV и с утверждением этого короля на престоле прекращается во Франции смута, порожденная религиозными войнами. Эти войны произошли, как мы видели, вследствие слабости последних Валуа, которые не умели ни стать в челе большинства и остановить усиление противной большинству ереси, ни обуздать фанатизм большинства и ввести веротерпимость: последнее, впрочем, было тогда крайне трудно. От слабости королей произошло то, что они должны были вести войны с своими подданными, заключать с ними миры. Эта религиозная борьба на много лет поглотила все внимание французского народа, заняла беспокойные силы, не дала французам возможности производить наступательные движения на соседственные страны, и потому во все это время первенство принадлежало Испании, Филипп II считался самым могущественным государем, единым и верховным покровителем католицизма.
Франция в религиозной борьбе потеряла много сил; еще в 1580 году недосчитывалось 700 000 народа, много видных, сильных людей изгибло как между католиками, так и между протестантами, последовало всеобщее истощение, бедность, одичалость, ибо давно уже не было помину о порядке, безопасности, правосудии, управлении, и побуждаемое сильною жаждою покоя большинство поспешило признать Генриха IV королем, как только он принял католицизм; истомленное борьбою большинство не разбирало, искренно ли было обращение Генриха или только для формы; мало того, оно позволило Генриху дать большие льготы прежним своим единоверцам, протестантам.
В апреле 1598 года в Нанте был обнародован эдикт, по которому протестантам позволено было в известных местах свободное отправление богослужения; они сохраняли все гражданские права, получали доступ ко всем местам и должностям, их бедные принимались в госпитали наравне с католиками; в каждом парламенте должна была быть особая палата, состоявшая из равного числа католических и протестантских членов, где решались споры, возникавшие между двумя партиями; протестантскому духовенству обещано жалованье; депутаты от протестантских церковных общин получили право составлять соборы в известные времена и в известных местах с королевского позволения и под надзором правительственных комиссаров. Но этого мало: протестанты продолжали составлять политическую партию, государство в государстве, им отданы были во владение известные города, куда они назначали комендантов, и король обещал платить деньги их гарнизонам; наконец, республикански организованные протестантские общины получили право налагать на своих членов подати для Своих целей.