Во Франкфурте Фердинанда II провозгласили императором, и в то же время чины Богемии, Моравии и Силезии отложились от Габсбургского дома и выбрали себе в короли главу протестантской унии, курфюрста Фридриха V Пфальцского. Фридрих принял корону и поспешил в Прагу на коронацию. Характер главных соперников имел важное влияние на исход борьбы: против умного и твердого Фердинанда II стоял пустой, невыдержливый Фридрих V. Кроме императора у католиков был еще Максимилиан Баварский, сильный личными и материальными средствами; на стороне протестантов Максимилиану соответствовал курфюрст Иоанн Георг Саксонский, но соответствие между ними ограничивалось одними материальными средствами, ибо Иоанн Георг носил не очень почетное название
Фридрих V приехал в Прагу, но с самого начала повел дурно свои дела, он не поладил с чешскими вельможами, не допуская их до участия в делах правления, слушаясь только своих немцев; оттолкнул от себя и народ страстию к роскоши и забавам, также кальвинским иконоборством: из пражской соборной церкви были вынесены все изображения святых, картины и мощи. Между тем Фердинанд II заключил союз с Максимилианом Баварским, с Испаниею, привлек на свою сторону курфюрста Саксонского, привел в повиновение австрийские чины.
Войска императора и католической лиги под начальством Тилли явились под Прагою. В ноябре 1620 года между ними и войсками Фридриха произошло сражение у Белой горы, Тилли одержал победу. Несмотря на это несчастие, чехи не имели средства к продолжению борьбы, но король их Фридрих потерял совершенно дух и убежал из Богемии. Лишенные вождя, единства и направления движения, чехи не могли продолжать борьбы, и в несколько месяцев Богемия, Моравия и Силезия были снова покорены под державу Габсбургского дома.
Горька была судьба побежденных: 30 000 семейств должны были покинуть отечество; вместо них явилось чуждое славянству и чешской истории народонаселение. В Богемии считалось 30 000 населенных мест; после войны осталось только 11 000; до войны было более 4 миллионов жителей; в 1648 году осталось не более 800 000. Треть земель была конфискована; иезуиты бросились на добычу: чтоб порвать самую тесную связь Богемии с ее прошедшим, чтоб нанести самый тяжелый удар чешской народности, они начали истреблять книги на чешском языке как еретические; один иезуит хвастался, что сжег более 60 000 томов. Понятно, какая судьба должна была ожидать протестантизм в Богемии; в Праге оставались два лютеранских пастора, которых не смели выгнать, боясь возбудить негодование саксонского курфюрста; но папский легат Караффа настоял, чтоб император дал приказание выгнать их. «Дело идет, — говорил Караффа, — не о двоих пасторах, но о свободе религии; пока их будут терпеть в Праге, ни один чех не войдет в лоно Церкви». Некоторые католики, сам король испанский хотели умерить ревность легата, но он не обращал внимания на их представления. «Нетерпимость Австрийского дома, — говорили протестанты, — принудила чехов возмутиться». «Ересь, — говорил Караффа, — воспламенила бунт». Император Фердинанд II выражался сильнее. «Сам Бог, — говорил он, — побудил чехов к возмущению, чтоб дать мне право и средства уничтожить ересь». Император собственными руками изодрал «Грамоту Величества».
Средства к уничтожению ереси были следующие: протестантам запрещено было заниматься каким бы то ни было мастерством, запрещено было жениться, делать завещания, погребать своих мертвецов, хотя при этом они должны были платить католическому священнику издержки погребения; их не пускали в больницы; солдаты с саблями в руках загоняли их в костелы, в селах крестьян загоняли туда собаками и бичами; за солдатами шли иезуиты и капуцины, и когда протестант, чтоб спастись от собаки и кнута, объявлял, что обращается к Римской Церкви, то прежде всего должен был провозгласить, что это обращение совершено добровольно. Императорские войска позволяли себе ужасные жестокости в Богемии: один офицер велел убить 15 женщин и 24 ребенка; отряд, состоявший из венгров, сжег семь деревень, причем все живое было истреблено, солдаты обрубали руки у младенцев и прикалывали их к своим шляпам в виде трофеев.