На Каспийском море не велось боевых действий, но в 1942–1943 годах Каспий играл очень важную роль: через это море, а далее речными и железнодорожными путями шли поставки нефтепродуктов для фронта и флота, не говоря уже о перевозках боевой техники и грузов для оборонной промышленности. Особенно возросло значение нефтеперевозок через Каспий и Нижнюю Волгу во время решающих боев за Сталинград.
Ширшов внимательно следил за событиями на Черном море, где происходили боевые действия. Моряки Черноморского торгового флота 4 февраля 1943 года участвовали в высадке десанта советских воинов под Новороссийском, получившим позднее название «Малая земля». А в сентябре того же года при подготовке и проведении десантных операций в районе Новороссийска большую помощь войскам оказали также экипажи транспортных судов, которые перебрасывали войска в Геленджик. В дни таких боевых операций с участием судов торгового флота министр Ширшов сутками не покидал здания наркомата (его аппарат вернулся из эвакуации в сентябре 1943 года) и держал прямую связь с морскими портами и штабами флотов. Когда же наши войска выбили немцев из Новороссийска, Петр Петрович уже на другой день прилетел туда с пятью своими сотрудниками. Безрадостную картину увидел он там: порт был полностью разрушен. Ширшов обратился к Военному совету Северо-Кавказского фронта, в Новороссийский горком партии, и тут же были разработаны планы быстрого восстановления порта. Моряки Черноморского транспортного флота активно участвовали также во всех других боевых операциях на Черном море: освобождении Таманского полуострова и всего Крыма, Одессы, всего западного побережья моря. Торговые моряки активно помогали боевым действиям Советской Армии и Военно-Морского Флота в других бассейнах, не говоря уже об импортных и каботажных перевозках через зоны военных действий. Всего же за период Великой Отечественной войны советский морской транспорт перевез около 100 миллионов тонн различных грузов и более 4 миллионов человек[11].
Еще во время войны, в 1943 году, когда произошел коренной перелом в ее ходе и Советские Вооруженные Силы начали освобождать временно оккупированные врагом районы, Ширшов вошел в Совет Министров СССР с предложениями о мероприятиях по восстановлению и оснащению морских портов и увеличению численности торгового флота. Эти предложения были приняты, правительство выделило крупные суммы денег на эту программу и фонды на поставку портовой механизации.
В наши дни трудно представить себе, насколько сложными и опасными были тогда рейсы судов торгового флота, какие трудности и сложности стояли перед работниками наркомата и пароходств в организации навигации и контроля за рейсами. Корабли плыли в зоне молчания, радиостанции на судах были настроены только на прием, был строжайший приказ не выходить в эфир, молчали береговые радиопеленгаторы, на судах еще не было радиолокаторов, шли с потушенными огнями, прожектора были зачехлены. И все-таки в кабинете главного морского инспектора С. И. Ушакова на большой карте Мирового океана дежурный диспетчер ежедневно отмечал местонахождение каждого корабля, находящегося в рейсе вне территориальных вод. Нарком Ширшов очень интересовался тем, как проходят рейсы судов, часто вызывал Ушакова для доклада, выяснял причины задержек или отклонений от предписанного маршрута.
— Во время моей совместной работы с Петром Петровичем, — рассказывает С. И. Ушаков, — я убедился, насколько хорошо и квалифицированно он разбирался в навигационных вопросах, как быстро оценивал обстановку, какие правильные предлагал меры. Ширшова отличала высокая культура общения со своими сотрудниками, умение использовать их знания, взять от них как можно больше. Никогда не кичился он своими заслугами, не любил лести, был очень скромным, интеллигентным человеком.
Торговые моряки внесли крупный вклад в дело победы советского народа над фашистской Германией. За успешное выполнение воинских и эвакуационных перевозок, доставку нефтепродуктов в зоны военных действий, непосредственное участие в боевых операциях Советских Вооруженных Сил, обеспечение военно-экономических связей СССР с союзниками Родина высоко оценила боевые и трудовые подвиги работников морского транспорта: 4800 человек были награждены орденами и 9100 человек — медалями СССР[12]. В том вкладе, который внесли моряки и портовики торгового флота в дело победы над фашистской Германией и империалистической Японией, немалая заслуга их организатора и руководителя П. П. Ширшова.