Еще более сложные задачи встали после войны перед П. П. Ширшовым как главой многотысячного коллектива работников морского транспорта (в 1946 году наркоматы были преобразованы в министерства, и Ширшов стал министром морского флота). Предстояло восстанавливать разрушенные порты и судоремонтные заводы, восполнять потери во флоте и в кадрах моряков, как можно скорее залечить раны, нанесенные войной, и вместе с тем организовать в больших масштабах коммерческие перевозки народнохозяйственных грузов. А какой урон нанесла война торговому флоту, видно из следующих цифр: погибли, или были повреждены, или попали в руки неприятеля 370 транспортных судов грузоподъемностью более 730 тысяч тонн, то есть почти половина всего довоенного тоннажа, уничтожено в портах 43 процента причального флота, 54 процента складов и 47 процентов портовой механизации, уничтожено или повреждено 123 промышленных предприятия[13].
Работниками министерства, пароходств и портов была проведена под руководством министра П. П. Ширшова поистине колоссальная работа по восстановлению разрушенного войной хозяйства и одновременно по развитию быстрыми темпами объема перевозок, превышающего довоенный уровень.
Пока еще не были на полную мощность пущены в ход судостроительные заводы, и первое пополнение торговому флоту дали трофейные суда. Были размещены заказы на постройку новых судов за границей, заложены первенцы послевоенных серий транспортных судов на отечественных заводах. Ширшов уже приобрел большой практический опыт в организации морских перевозок, а главное, он обладал острым государственным умом, широким кругозором и глубокой эрудицией, поэтому умел предвидеть генеральные пути дальнейшего развития морского транспорта и направлял на это усилия возглавляемого им коллектива. Он прекрасно понимал, что послевоенный транспортный флот должен находиться на новом техническом уровне и работать по новым нормам, и поэтому большое внимание обращал на оснащение судов новыми техническими средствами судовождения и обработки грузов, на внедрение новых прогрессивных методов в работе экипажей судов и портов. Новые усложненные задачи и новая техника требовали высокообразованных кадров, и Министерство морского флота по инициативе своего министра проводит коренную реорганизацию сети учебных заведений. В системе министерства в крупных портовых городах были созданы мореходные и высшие мореходные училища, которые стали готовить морских специалистов на более совершенном в техническом отношении уровне. Морской транспортный флот стал получать высококвалифицированных специалистов с высшим и средним образованием.
П. П. Ширшов был переведен в 1948 году на работу в Совет Министров СССР. К этому времени благодаря огромной помощи, систематически оказываемой Советским правительством, работники морского торгового флота сумели ликвидировать тяжкие последствия войны, добиться коренного перелома и перестройки всей своей деятельности и успешно повести работу на новом техническом и организационном уровне. В той научно-технической революции, что была совершена в транспортном флоте, была, несомненно, большая личная заслуга министра морского флота П. П. Ширшова. Теперь, когда он стал членом Бюро Совета Министров СССР по транспорту и связи, в сфере его деятельности оказались морской, речной и воздушный транспорт. Здесь он еще успешнее мог продолжать начатую им в Министерстве морского флота работу по коренному преобразованию деятельности транспортных организаций, будучи уполномоченным Совета Министров СССР.
На каких бы постах ни находился П. П. Ширшов, через всю свою жизнь он пронес неугасимую любовь к Арктике. Как крупный государственный деятель, он хорошо представлял себе, какую большую роль в народном хозяйстве нашей страны должны сыграть Северный морской путь и прилегающий к нему огромный район советского Заполярья. С чувством глубокого уважения и даже восхищения он не раз напоминал своим собеседникам о гениальном предвидении В. И. Лениным значения северных районов пашей страны и возможностей использования их богатств на основе освоения мореплавания по Северному морскому пути. Ширшов пишет докладную записку, в которой подробно излагает мероприятия, необходимые для более эффективного транспортного освоения морских, речных и воздушных путей Крайнего Севера. Предложения Ширшова были внимательно рассмотрены и поддержаны, и вскоре была организована Междуведомственная Арктическая комиссия, и Петр Петрович был назначен ее председателем. К работе комиссии был привлечен широкий круг министерств и ведомств, научных и проектных институтов. Под руководством Петра Петровича была разработана программа широких комплексных исследований Арктики, определены планы для каждой привлеченной организации. По рассказам участников этой работы, Петр Петрович показал здесь себя настоящим организатором науки, смелым, решительным и многогранным руководителем, он внес элементы системного подхода в организацию исследований Севера, заставлял исследователей работать с мечтой о будущем, думать о техническом прогрессе.