Однако военные действия для союзников на суше сложились неудачно. В битве при Бергене был взят в плен командующий русскими экспедиционными войсками генерал от инфантерии И.И. Герман. Император Павел I назначает на его место генерала от инфантерии М.И. Голенищева-Кутузова.
Тот в конце сентября незамедлительно выезжает к войскам. В пути приходит известие, что главнокомандующий союзными войсками английский герцог Ф. Йорк заключил с неприятелем конвенцию о прекращении военных действий и выводе союзных войск с территории Голландии. То есть антифранцузская коалиция потерпела военное поражение.
12 (23) ноября 1799 года в Гамбурге, откуда до голландской территории было рукой подать, Кутузов получил рескрипт императора Павла I, предписывающий ему возвратиться в Россию. Там он должен был принять все должности у генерала от инфантерии Б.Р. де Ласси, попавшего в опалу, — литовского военного губернатора, инспектора инфантерии Литовской и Смоленской, шефа Поповского мушкетерского полка.
Оказавшись на западных рубежах Российской империи, М.И. Голенищев-Кутузов принял командование над стоявшими там войсками. Новое назначение было связано с проводимой Павлом внешней политикой. Он направил в Италию войска под командованием генерал-фельдмаршала Суворова для войны против французов. В Средиземноморье вышла эскадра адмирала Ушакова для завоевания Ионических островов и создания форпоста на острове Мальта.
Император Павел I в высочайшем рескрипте сообщал Суворову о том, что его Итальянский поход будет поддержан тремя русскими армиями, расположенными вдоль российской границы. Эти армии составляли вторую линию русских войск, предназначенных для подкрепления действующих суворовских частей в случае начала большой европейской войны. Командующими армиями император назначил генерала от кавалерии французского маркиза на российской службе Ж.Ф. де Бомона Дотишиана (де Отишана), генерала от инфантерии М.И. Голенищева-Кутузова и генерал-фельдмаршала графа И.В. Гудовича.
В феврале 1800 года Михаил Илларионович вступил в должность шефа Псковского мушкетерского полка. (Этот полк впоследствии более 100 лет с гордостью носил имя прославленного русского полководца, с честью оправдывал свое почетное наименование ратными делами.)
Пограничные армии так и не двинулись в Европу. После окончания Итальянского похода A.B. Суворова, теперь уже генералиссимуса всех российских войск, М.И. Кутузов заботится об укомплектовании полков, возвращающихся из-за границы, принимает меры по укреплению границы с Пруссией, ведает всеми гражданскими делами в Вильно.
В мае 1800 года Россия вновь оказалась на грани большой войны, на сей раз с Великобританией. После разрыва с ней дипломатических отношений Павел I начал подготовку к военным действиям с англичанами. На западной границе формируются две армии: в Литве — под командованием генерала от кавалерии П.А. Палена, на Волыни — под командованием генерала от инфантерии М.И. Голенищева-Кутузова.
Чтобы проверить обученность и слаженность войск, в сентябре 1800 года в Гатчине проводятся большие маневры. Командуя войсками на гатчинских маневрах, Михаил Илларионович был высочайше отмечен в приказе по армии следующими словами: «…Весьма утешно для его Императорского Величества видеть достижения войска такого совершенства, в каковом оно себя показало по всех частях под начальством таковых генералов, которых качества и таланты, действуя таковыми войсками к такой нации, какова российская, не могут не утвердить и не обеспечить безопасности и целостности государства…»
Всем нижним чинам, участвовавшим в армейских маневрах, император Павел I пожаловал обычное вознаграждение — «по рублю, по чарке и по фунту говядины на человека».
В связи с созданием двух действующих армий на западной границе и подготовкой их к военным действиям М.И. Голенищеву-Кутузову подчинили Украинскую, Брестскую и Днестровскую инспекции, а П.А. Палену — Финляндскую, Санкт-Петербургскую, Лифляндскую, Литовскую и Смоленскую.
Отношения между Лондоном и Санкт-Петербургом продолжали ухудшаться. В сентябре 1800 года англичане принудили голодом сдаться французский гарнизон на Мальте. Император Павел I приступает к созданию против «владычицы морей» новой Лиги вооруженного нейтралитета, в которую намечалось вовлечь Швецию, Пруссию и Данию. Одновременно в Париж отправляется генерал от инфантерии барон Е.М. Спренгпортен.
Официальная цель его миссии — переговоры о возвращении русских пленных, фактическая — восстановление дипломатических контактов с наполеоновской Францией.
М.И. Голенищев-Кутузов готовил свою армию для совместных действий с прусской. Согласно оборонительному договору, заключенному в июле 1800 года в Петергофе между Россией и Пруссией, обе стороны в случае нападения на них обязывались выставить подготовленные войска. В тот период Кутузов занимался еще и распределением бывших военнопленных, прибывших из Франции.