Разгневанный делом Шубина, император срочно назначает оказавшегося в столице генерал-фельдмаршала М.Ф. Каменского главнокомандующим в Санкт-Петербурге, а генерал-адъютанта К.Ф. Комаровского — его помощником и одновременно начальником полиции. Последний сумел изобличить поручика Шубина, найти владельца кареты, сбившего англичанина, и беглых солдат, напавших на Ушакова.
Одновременно Комаровский доложил Александру I о недостатках в деятельности столичной полиции, нехватке полицейских будочников, продолжающихся карточных играх, дуэлях среди офицеров и дворянской молодежи, запрещенных высочайшим указом, и многом другом. «Виновником» всего этого «безобразия», естественно, представлялся столичный военный губернатор.
В связи с этими событиями в августе 1802 года последовало высочайшее повеление о сдаче М.И. Голенищевым-Кутузовым должности военного губернатора. При этом дела им передавались не главнокомандующему графу Каменскому, выехавшему в войска, а начальнику столичной полиции Комаровскому.
Тяжело переживая такое нерасположение императора, Кутузов обратился к нему с прошением принять высочайшее решение о его дальнейшей судьбе. Прошение не осталось без ответа. Последовал монарший указ Правительствующему Сенату об увольнении М.И. Голенищева-Кутузова на год по болезни. Место инспектора Финляндской инспекции было отдано генерал-лейтенанту графу А.И. Толстому.
Три года Михаил Илларионович оставался не у дел, занимаясь своими хозяйственными вопросами. Все его попытки вернуться на военную службу терпели неудачи. Лишь в августе 1804 года его привлекли к участию в военных маневрах под столицей, где он командовал корпусом и удостоился монаршей благодарности. Кутузов с горечью пишет жене о том, что все его труды, опасности на военной службе и раны были напрасными.
Отставленный от службы Кутузов внимательно следил за европейскими событиями. Наполеон аннексировал одну за другой территории континента, создавая свою империю. В Лондоне забили тревогу.
В марте 1803 года Англия возобновила военные действия против Франции и выступила инициатором создания 3-й антифранцузской коалиции. Англия действовала при этом испытанным методом — она предложила огромную сумму в 1 миллион 250 тысяч фунтов стерлингов тем странам, которые выставят для войны против Франции 100-тысячное войско. России и Австрии была предложена трехмесячная субсидия, если они начнут военные действия.
Имперские завоевательные устремления Наполеона Бонапарта не могли не встретить противодействия ведущих держав Европы. 30 марта (11 апреля) 1805 года в российской столице был подписан союзный договор с Великобританией, ставивший целью обеспечение независимости Голландии и Швейцарии, очищение от французов Италии и государств Северной Германии.
Вскоре к антифранцузской коалиции присоединились Австрия, больше всего пострадавшая от Наполеона, Швеция и Неаполитанское королевство. Лишь Пруссия продолжала колебаться, опасаясь французской армии, особенно корпуса Бернадотта, стоящего вблизи ее границ. Берлин сохранял нейтралитет, ожидая результатов военных действий.
Планы императора Александра I на ведение войны с Францией выглядели впечатляюще — боевые действия могли развернуться от Северного моря до Средиземного. Однако требовалось присоединить к антифранцузской коалиции Пруссию. К ее восточным границам выдвигается русская армия под командованием генерала от кавалерии И.И. Михельсона. Она состояла из двух группировок войск — 50-тысячной Волынской армии графа Ф.Ф. Буксгевдена, которая выдвигалась в Богемию, и 40-тысячной армии графа Л.Л. Беннигсена, выходившей после марша у прусской границы.
Планировался и морской десант — в Штральзунд. 16-тысячному корпусу генерал-лейтенанта П.А. Толстого предстояло высадиться с кораблей Балтийского флота для действий в Померании в составе Северной армии под командованием короля Швеции Густава IV Адольфа. Русскому корпусу ставилась задача принять участие в освобождении Ганновера и северного побережья Германии, а затем Голландии.
Русским войскам предстояло действовать и в Италии, где главной силой была австрийская армия брата австрийского императора эрцгерцога Л.И. Карла. В помощь ему совместно с англичанами выделялся 25-тысячный корпус генерала от инфантерии Б.П. Ласси, которому предстояло десантироваться в Неаполь с острова Корфу.
Войска Буксгевдена, Беннигсена, Толстого и Ласси не составляли основную силу русской армии и не действовали на главном направлении. Эта роль, по замыслу императора Александра I, отводилась Подольской армии под командованием генерала от инфантерии М.И. Голенищева-Кутузова. Однако государь не дал самостоятельности в действиях опальному полководцу. При вступлении его войск на австрийскую территорию Михаил Илларионович поступал в прямое подчинение императору Австрии и «принцу крови австрийского дома».